加班工资按实发工资计算的法律依据主要来源于《中华人民共和国劳动法》及《工资支付暂行规定》，但需注意，这里的“实发工资”应理解为劳动合同中约定的工资标准或实际支付的工资中作为加班工资计算基数的部分，而非简单等同于每月实际到手的全部工资。以下是对此问题的详细解答：

一、核心法律依据

1. 《中华人民共和国劳动法》第四十四条：
   • 安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
   • 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
   • 法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。

这里的“工资”指的是劳动合同中约定的工资标准，或者在实际操作中，作为加班工资计算基数的工资部分。

1. 《工资支付暂行规定》第十三条：
   • 用人单位在劳动者完成劳动定额或规定的工作任务后，根据实际需要安排劳动者在法定标准工作时间以外工作的，应按以下标准支付工资：
     • 延长工作时间的，按照不低于劳动合同规定的劳动者本人小时工资标准的150%支付工资；
     • 休息日工作且不能安排补休的，按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的200%支付工资；
     • 法定休假节日工作的，按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的300%支付工资。

二、加班工资计算基数的确定

• 劳动合同约定：加班工资的计算基数通常以劳动合同中约定的工资标准为准。这包括计时工资、计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。
• 实际支付工资：若劳动合同未明确约定加班工资的计算基数，则以实际支付的工资作为基数。但需注意，这个基数不得低于当地最低工资标准，且应剔除非常规性奖金、福利等项目，通常以劳动者正常工作状态下应得的工资为核算基础。
• 特殊情况：对于实行计件工资的劳动者，在完成计件定额任务后由用人单位安排延长工作时间的，也应根据上述原则，分别按照不低于其本人法定工作时间计件单价的150%、200%、300%支付其工资。

三、加班工资的计算方法

1. 日工资与小时工资的折算：

   • 日工资：月工资收入÷月计薪天数（一般为21.75天）；
   • 小时工资：月工资收入÷（月计薪天数×8小时）。

2. 加班费计算公式：

   • 平时（超过8小时）加班费：小时工资×150%×加班小时数；
   • 双休日加班费：日工资×200%（或小时工资×200%×加班小时数），若已补休则不支付；
   • 法定节假日加班费：日工资×300%（或小时工资×300%×加班小时数）。

四、实际案例与说明

假设某员工的月工资标准为5000元，其日工资为5000元÷21.75天≈229.89元，小时工资为229.89元÷8小时≈28.74元。

• 若该员工在平时加班2小时，则其加班费为：28.74元×150%×2小时=86.22元；
• 若在双休日加班1天（8小时），且未安排补休，则其加班费为：229.89元×200%=459.78元；
• 若在法定节假日加班1天（8小时），则其加班费为：229.89元×300%=689.67元。

总结与建议：

加班工资的计算需严格遵循相关法律法规的规定，确保计算基数的准确性和合法性。在实际操作中，用人单位应明确劳动合同中的工资标准，并作为加班工资的计算基数。若劳动合同未明确约定，则应以实际支付的工资作为基数，但需剔除非常规性奖金、福利等项目。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。