加班费的计算基数通常应为劳动者的应发工资，而非实发工资。这一结论基于以下多方面的分析：
一、应发工资与实发工资的定义及区别
- 应发工资：指的是劳动者在正常提供劳动的情况下，用人单位应支付的工资总额，它涵盖了基本工资、奖金、津贴、补贴等所有货币形式的劳动报酬，是扣除税费和其他扣款前的数额。
- 实发工资：则是劳动者实际收到的工资，即应发工资减去个人所得税、社会保险费个人缴纳部分、住房公积金个人缴纳部分及其他法定扣款后的余额。
二、加班费计算基数的确定原则
有约定且合法的情况：
- 若劳动合同中明确规定了加班费的计算基数，并且该基数不低于当地最低工资标准，则按约定的基数计算加班费。这里的约定基数可以是应发工资的一部分（如基本工资），但必须合理，不能损害劳动者的合法权益。然而，在多数情况下，为了更全面地反映劳动者的劳动报酬水平，约定基数更倾向于为应发工资。
没有约定或约定不明的情况：
- 在实践中，若劳动合同未明确加班费计算基数，或约定不明确，多数地区倾向于采用劳动者的应发工资作为计算基数。这是因为应发工资更全面地反映了劳动者的劳动报酬水平，包括正常工作时间内获得的各种收入。以此为基础计算加班费，更能体现劳动者加班所应获得的合理补偿。
三、法律依据与实际情况分析
法律规定：
- 根据《关于工资总额组成的规定》，工资总额包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴、加班加点工资、特殊情况下支付的工资。在确定加班费计算基数时，一般应包含这些项目，即应发工资。
- 《劳动法》及相关法规也强调了加班费应以劳动者正常工作时间下的工资为基础进行计算，这实际上指的就是应发工资。
实际情况：
- 在实际操作中，用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定加班费计算基数的情况较为常见。若约定合法有效，则按约定执行；若约定不明或未约定，则通常按照应发工资计算加班费。
- 例如，某员工的应发工资为每月5000元，其中包括基本工资3000元、奖金1000元、津贴1000元。在计算加班费时，若无特别约定，应以这5000元作为计算基数（具体加班费还需根据工作时长和加班情况按法定标准计算），而非扣除社保、个税等之后的实发工资。
四、特殊情况处理
- 虽然实发工资一般不作为加班费计算基数，但在某些特殊情况下，如劳动合同明确约定以实发工资作为加班费计算基数，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，也可能按照实发工资计算。然而，这种情况相对较少见，且需确保约定内容合法有效。
五、法律保障与维权途径
- 若用人单位支付的加班费低于按照应发工资计算得出的数额，劳动者有权要求用人单位补足差额。
- 在协商无果的情况下，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
综上所述，加班费的计算基数通常应为劳动者的应发工资。这一原则既符合法律法规的规定，又能确保劳动者在加班时获得与其正常工作时间下相应的劳动报酬。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。