针对您提出的“非法占地建了工厂怎么处理”的问题，这是一个涉及土地管理和法律责任的严肃话题。未经批准非法占用土地建设工厂，是明确的违法行为，需要承担相应的法律责任。以下是我为您详细梳理的处理流程和法律依据：

一、调查核实

一旦自然资源主管部门发现或接到关于非法占地建厂的举报，他们会立即启动调查程序。这包括现场勘查、资料查阅以及询问相关人员，以核实占用土地的具体情况，如面积、位置、建设状况以及是否办理了合法的审批手续。

二、法律禁止与责任明确

根据《土地管理法》的相关规定，土地用途受到严格管制，农用地转为建设用地需经过严格审批。未经批准擅自占用耕地建厂，显然违反了这一法律规定，因此必须承担相应的法律责任。

三、行政处罚措施

1. 责令停止与限期拆除：

   • 自然资源主管部门会下达《责令停止违法行为通知书》，要求立即停止建设活动。
   • 依据《土地管理法》的相关规定，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状。

2. 罚款处罚：

   • 对非法占用土地的单位和个人，将处以每平方米100元以上1000元以下的罚款。
   • 对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予处分。

3. 没收违法所得与建筑物：

   • 如果非法占地行为产生了非法所得，这些所得将被依法没收。
   • 对于符合土地利用总体规划的非法建筑物和其他设施，相关部门也可以予以没收。

四、恢复种植条件与土地复垦

被破坏的耕地需要按照相关标准进行复垦，以恢复其种植条件。复垦义务人应编制土地复垦方案并按规定执行。如果未履行复垦义务，将面临限期改正、缴纳复垦费以及可能的罚款。

五、刑事责任追究

如果非法占用耕地数量较大，造成耕地大量毁坏，可能触犯《刑法》第三百四十二条规定的非法占用农用地罪。根据该条款，违反土地管理法规，非法占用耕地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大且造成严重后果的，将处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。

六、合法建议

1. 遵守法律法规：强烈建议遵守相关土地管理法律法规，不要非法占用土地建厂。
2. 合法申请用地：如需建设工厂或其他设施，应按照法定程序申请建设用地，并获得相关部门的批准和许可。
3. 主动接受处理：对于已存在的违法情况，应立即停止违法行为，并主动接受相关部门的处理，以减轻可能的法律后果。

综上所述，非法占地建厂是严重的违法行为，不仅面临行政处罚，还可能触及刑事责任。因此，务必增强法律意识，严格遵守土地管理法规，确保土地使用合法合规。如果您或您认识的人涉及此类问题，建议尽快咨询专业律师或相关部门，以获取更具体的法律指导和帮助。