企业在施工过程中非法占地，将面临行政处罚、民事赔偿以及可能的刑事责任，具体处理方式如下：
行政处罚：
- 根据《土地管理法》及相关法规，非法占地的企业将面临土地管理部门的行政处罚，包括责令退还非法占用的土地、限期拆除或没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，以及处以罚款。罚款的金额通常根据非法占用土地的面积和土地的性质（如耕地、基本农田等）来确定。
- 行政处罚的程序一般包括立案、调查取证、审查决定、送达执行等步骤。企业应积极配合土地管理部门的调查，并在规定期限内履行处罚决定，以避免进一步的法律后果。
民事赔偿：
- 如果非法占地行为给土地所有权人或使用权人造成了损失，企业还可能面临民事赔偿的责任。赔偿的范围通常包括土地被占用期间的损失、恢复土地原状的费用等。
- 在民事赔偿方面，双方可以通过协商、调解或诉讼等方式解决争议。企业应积极与受损方沟通，寻求合理的赔偿方案，以减少法律纠纷和负面影响。
刑事责任：
- 在严重的情况下，非法占地行为可能构成犯罪，如非法占用农用地罪。根据《刑法》的规定，违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的，将面临有期徒刑或拘役，并处或单处罚金的刑事处罚。
- 如果企业或其直接负责的主管人员和其他直接责任人员被追究刑事责任，将对企业声誉和未来发展产生严重影响。因此，企业应严格遵守土地管理法规，避免非法占地行为的发生。
建议：
- 企业应加强对土地管理法规的学习和了解，确保在施工过程中合法使用土地。
- 在施工前，企业应与土地所有权人或使用权人进行充分沟通，明确土地使用权限和范围，并签订相关协议。
- 如果发现非法占地行为，企业应立即停止施工，并积极配合土地管理部门的调查和处理工作。
- 企业可以寻求专业法律人士的帮助，以更好地了解和处理非法占地问题，降低法律风险。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。