结论：干货运司机跟公司签了合作协议交了保证金，干了几天不想干，能否退还保证金及如何处理后续事宜，需根据合作协议的具体条款、双方协商情况以及相关法律规定来综合判断。以下从多个角度进行分析：
一、合作协议的具体条款
保证金退还条款：
- 首先，应仔细审查合作协议中关于保证金退还的条款。如果协议中明确规定了司机在特定情况下（如提前解除合同、未违反协议规定等）有权要求退还保证金，那么司机可以依据该条款向公司提出退还要求。
- 若协议中未明确规定保证金退还的条件或程序，司机则需与公司进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
合同解除条款：
- 合作协议中可能包含关于合同解除的条款，包括解除的条件、程序以及解除后的责任承担等。司机应了解这些条款，以便在决定不再继续合作时，能够按照协议规定的方式解除合同，并减少可能的法律纠纷。
二、双方协商情况
友好协商：
- 在决定不再继续合作后，司机应首先尝试与公司进行友好协商，就保证金的退还、合同的解除等事宜达成一致意见。这有助于维护双方的关系，并减少不必要的法律成本。
协商不成时的处理：
- 如果双方无法就保证金的退还等事宜达成一致意见，司机可以考虑通过法律途径解决争议。这可能包括向劳动争议仲裁委员会申请仲裁（如果双方构成劳动关系）或向人民法院提起诉讼（如果双方构成合同关系）。
三、相关法律规定
《中华人民共和国民法典》合同编：
- 根据《中华人民共和国民法典》合同编的相关规定，当事人可以协商一致解除合同。合同解除后，尚未履行的，终止履行；已经履行的，根据履行情况和合同性质，当事人可以请求恢复原状或者采取其他补救措施，并有权请求赔偿损失。
- 如果司机与公司之间的合作协议属于合同关系，且司机因个人原因决定不再继续合作，那么司机应依据合同编的规定，与公司协商解除合同，并就保证金的退还等事宜达成一致意见。
《中华人民共和国劳动法》及相关规定：
- 如果司机与公司之间构成劳动关系（如签订劳动合同、接受公司管理、由公司支付工资等），那么司机应依据《中华人民共和国劳动法》及相关规定来处理争议。
- 在这种情况下，司机可能需要先向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁结果不服的，再向人民法院提起诉讼。同时，司机应注意保留相关证据（如劳动合同、工资单、工作记录等），以便在争议解决过程中证明自己的权益。
四、建议与注意事项
保留证据：
- 无论司机与公司之间构成合同关系还是劳动关系，司机都应保留好与合作协议、保证金支付凭证、工作记录等相关的证据。这些证据在争议解决过程中将起到至关重要的作用。
及时咨询：
- 如果司机对合作协议的具体条款、双方协商情况或相关法律规定存在疑问或不确定之处，应及时向我咨询。我可以根据具体情况为司机提供专业的法律意见和建议，帮助司机更好地维护自己的权益。
谨慎处理：
- 在处理此类争议时，司机应谨慎行事，避免采取过激或违法的行为。这有助于维护司机的形象和声誉，并减少可能的法律风险。