结论：在同一笔工程款纠纷中，若两个原告共同起诉而其中一个原告不适格，这通常意味着该原告与案件无直接利害关系或不具备诉讼主体资格，法院可能会驳回其起诉或要求其退出诉讼，具体处理方式需根据实际情况判断。以下是对此问题的详细分析：

一、原告不适格的法律含义

在法律上，“原告不适格”通常指的是原告与案件无直接利害关系，或者不具备提起诉讼的主体资格。在建设工程款纠纷中，如果其中一个原告并非工程款的直接权利人，或者与工程款的支付、结算等无直接关联，那么该原告就可能被视为不适格。

二、原告不适格的可能情形

1. 非合同当事人：如果工程款纠纷是基于建设工程合同产生的，那么只有合同当事人（即发包人和承包人）才有权就工程款提起诉讼。如果其中一个原告并非合同当事人，而是与合同无关的第三方，那么该原告就不适格。

2. 无直接利害关系：即使某个原告与工程款有一定的关联，但如果这种关联并非直接的利害关系，比如只是作为中间人或见证人，那么该原告也可能被视为不适格。

3. 诉讼主体资格瑕疵：如果原告在提起诉讼时，其诉讼主体资格存在瑕疵，比如未依法登记注册、未取得相关资质等，也可能导致原告不适格。

三、法院的处理方式

1. 驳回起诉：如果法院认为某个原告不适格，且该不适格情形无法通过补正或变更诉讼请求等方式解决，那么法院可能会直接驳回该原告的起诉。

2. 要求退出诉讼：如果法院认为某个原告的不适格情形可以通过其退出诉讼来解决，且不影响其他原告的诉讼权利，那么法院可能会要求该原告退出诉讼。

3. 合并审理或分案处理：在多个原告共同起诉的情况下，如果其中一个原告不适格，但其他原告与案件有利害关系，法院可能会根据案件的具体情况，选择合并审理或分案处理。合并审理时，法院会就适格原告的诉讼请求进行审理；分案处理时，法院会分别就各个原告的诉讼请求进行审理。

四、法律建议

1. 审查原告资格：在提起诉讼前，应仔细审查各个原告的资格，确保他们都与案件有直接利害关系，并具备诉讼主体资格。

2. 及时补正或变更：如果发现某个原告不适格，应及时补正或变更诉讼请求，或者要求该原告退出诉讼，以避免不必要的法律纠纷和诉讼成本。

3. 咨询专业律师：在处理复杂的工程款纠纷时，建议咨询专业律师的意见，以确保诉讼策略的合法性和有效性。

进一步思考：在实际操作中，原告不适格的情形可能多种多样，且往往与案件的具体事实和法律关系紧密相连。因此，在处理此类问题时，应充分考虑案件的具体情况，结合相关法律法规和司法实践，进行全面、细致的分析和判断。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。