若工程项目横跨两个区，起诉工程款时，一般需根据合同约定或实际履行情况确定管辖法院后，向该法院提起诉讼。具体分析如下：
合同有约定的情况：如果工程合同中明确约定了争议解决的管辖法院（比如约定“因本合同产生的争议，由XX区人民法院管辖”），那么应当按照合同约定，向约定的法院提起诉讼。这是基于合同自治原则，双方在合同中已经对可能发生的争议解决方式达成了合意，应当优先遵循。
合同无约定或约定不明的情况：
- 按照不动产纠纷确定管辖：根据《民事诉讼法》及相关司法解释，建设工程施工合同纠纷按照不动产纠纷确定管辖，即由不动产所在地人民法院管辖。当工程项目涉及两个区时，如果两个区的法院对工程均有实质性的关联（比如工程的主要部分在A区，但部分附属工程在B区），且合同没有明确约定管辖法院，那么理论上两个区的法院可能都有管辖权。但实践中，为了避免管辖争议，通常会根据工程的主要部分所在地或者合同履行地来确定管辖法院。
- 考虑实际履行地：如果工程合同中虽然没有明确约定管辖法院，但可以明确工程的实际履行地（比如主要施工地点、材料供应地点等），那么也可以向实际履行地所在的法院提起诉讼。在实际操作中，如果工程的主要部分和实际履行地较为明确，且与其中一个区有更紧密的联系，那么向该区法院提起诉讼更为合适。
行动建议：
- 审查合同：首先仔细审查工程合同，看是否有关于争议解决管辖法院的明确约定。
- 收集证据：收集与工程款相关的所有证据，包括合同、施工记录、验收报告、付款凭证等，以证明你的诉求。
- 确定管辖法院：根据合同约定或实际履行情况，确定有管辖权的法院。
- 提起诉讼：向确定的管辖法院提交起诉状和相关证据，正式提起诉讼。
在处理此类案件时，如果涉及复杂的法律问题或证据收集困难，建议及时向我咨询，以便更好地维护你的合法权益。