结论：不同项目的两个建设工程施工合同纠纷，即使跨度3年且双方当事人一样，工程款一般也不能直接合并起诉，但存在特殊情况可以合并处理。以下从不同角度进行分析：
一、一般原则：不能直接合并起诉
在建设工程合同纠纷中，每个合同都是独立的法律关系，具有相对独立性。即使两个合同纠纷涉及相同的双方当事人，且时间跨度较长，但由于它们是基于不同的合同关系产生的，因此，一般情况下，不能直接将两个合同纠纷合并起诉。这是因为合并起诉需要满足一定的法律条件，如诉讼标的相同或属于同一种类、案件事实存在关联等，而不同项目的建设工程施工合同纠纷往往不具备这些条件。
二、特殊情况：可以合并处理
尽管一般情况下不能直接合并起诉，但在某些特殊情况下，两个合同纠纷可以合并处理。这些特殊情况主要包括：
当事人同意合并审理：如果双方当事人同意将两个合同纠纷合并审理，并达成书面协议，那么法院在审查后认为合并审理不会损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益的，可以合并审理。
案件事实存在紧密关联：如果两个合同纠纷的案件事实存在紧密关联，如基于同一工程项目的不同阶段或不同部分产生的纠纷，且合并审理有助于查明事实、提高诉讼效率，那么法院在审查后认为符合合并审理条件的，也可以合并审理。
法律有特别规定：在某些特定情况下，法律可能规定可以将多个合同纠纷合并审理。例如，如果两个合同纠纷都涉及到同一法律问题或同一法律关系的认定，且合并审理有助于统一裁判标准、维护法律权威，那么法院可能会根据法律特别规定进行合并审理。
三、实际操作建议
分析合同关系：在决定是否合并起诉前，应仔细分析两个合同的关系，确定它们是否具备合并审理的条件。
咨询专业律师：由于建设工程合同纠纷涉及复杂的法律关系和专业知识，建议在决定是否合并起诉前咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况提供法律建议，帮助当事人制定合理的诉讼策略。
准备充分证据：如果决定合并起诉，应准备充分的证据来支持自己的主张。这些证据应能够证明两个合同纠纷之间的关联性和合并审理的必要性。
关注法院审查：在提交合并起诉申请后，应密切关注法院的审查进展。如果法院认为不符合合并审理条件，应及时调整诉讼策略或考虑分开起诉。
最后，不同项目的两个建设工程施工合同纠纷一般不能直接合并起诉，但在特定情况下可以合并处理。如果你面临此类问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。