两份施工合同主体一致时，是否可以一起起诉需分情况讨论，具体结论及分析如下：

1. 可以合并起诉的情形

若两份施工合同满足以下条件，通常可合并起诉：

• 同一法律关系或事实关联：两份合同基于同一工程或同一法律事实（如同一项目的不同标段），且诉讼请求具有关联性（如工程款支付、质量纠纷等）。
• 管辖法院一致：两份合同的工程地点属于同一行政区划，或合同明确约定由同一法院管辖，符合《民事诉讼法》关于共同诉讼的规定。
• 当事人同意合并：根据《民事诉讼法》第五十二条，法院认为可以合并审理且当事人同意的，可合并起诉。

典型案例：
（2017）最高法民辖终350号案中，法院认为同一主体签订的多份施工合同，若工程地点、法律关系一致，可合并审理以节约司法资源。

2. 需分别起诉的情形

若两份合同存在以下情形，通常需分别起诉：

• 合同独立且无关联：两份合同针对不同工程、不同地点，且诉讼请求无关联（如一份为土建合同，另一份为装修合同）。
• 管辖法院不同：工程地点分属不同行政区划，或合同约定由不同法院管辖，导致合并审理缺乏管辖基础。
• 当事人反对合并：若一方当事人明确反对合并审理，法院可能尊重其意见，要求分别起诉。

典型案例：
（2020）最高法民申6895号案中，法院认为案涉工程主体、地点不同，且无关联性，不具备合并起诉基础，应分别提起诉讼。

3. 特殊情形：结算协议的效力

若两份合同已通过总结算协议或还款承诺书对债权债务进行清算，可能突破合同独立性限制：

• 结算协议的独立性：根据最高人民法院民一庭2022年第3次法官会议纪要，施工合同无效不影响结算协议效力，各地法院（如湖南、山东、江苏、陕西高院）均认可结算协议的独立性。
• 管辖争议：
  
  • 主流观点：仍按基础法律关系（建设工程施工合同）确定管辖，由工程所在地法院管辖。
    
  • 少数观点：结算协议视为新债权债务关系，可按民间借贷纠纷案由起诉，不受专属管辖限制。

法律依据：

• 《民事诉讼法》第五十二条：当事人一方或双方为二人以上，诉讼标的是共同的或同一种类，法院认为可以合并审理并经当事人同意的，为共同诉讼。
  
• 《最高人民法院关于适用〈民事诉讼法〉的解释》第二十八条：建设工程施工合同纠纷按不动产纠纷确定管辖，由工程所在地法院管辖。

法律建议

1. 审查合同关联性：梳理两份合同的工程地点、法律关系及诉讼请求，判断是否具备合并起诉基础。
   
2. 确认管辖法院：检查合同约定及工程所在地，避免因管辖问题导致诉讼程序受阻。
   
3. 利用结算协议：若已签订总结算协议，可主张其独立性，简化诉讼程序。
   
4. 咨询专业律师：具体案件需结合合同条款、工程实际及管辖规则综合判断，建议提供合同文本进一步分析。

如有其他疑问，可直接向我咨询，我将结合具体案情提供详细解答。