结论：能否要回被扣的2000元，需结合协议内容、扣款合法性及证据情况综合判断，以下分情况说明：

1. 若协议中明确约定“干不够六个月扣2000元”，且该条款合法有效

• 需审查条款合法性：根据《劳动合同法》第二十五条，除法定情形（如服务期、竞业限制）外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。若您与用人单位签订的是劳动合同，此类“扣款”条款可能因违法而无效，您有权要求全额返还。
  
• 若为劳务合同或普通民事协议：需进一步判断条款是否显失公平（如扣款金额远超实际损失）。若扣款无合理依据（如用人单位未举证实际损失），您仍可主张返还。

2. 若协议未明确约定扣款，或约定违法（如以“罚款”名义扣款）

• 用人单位无权扣款：根据《工资支付暂行规定》第十六条，仅在劳动者因本人原因给用人单位造成经济损失时，用人单位可按劳动合同约定要求赔偿，且每月扣除部分不得超过工资的20%。若扣款无合法依据（如未实际损失、扣款比例超标），您可要求全额返还。
  
• “罚款”条款无效：若协议中以“罚款”名义扣款，因用人单位非行政机关，无罚款权，此类条款自始无效。

3. 关键行动建议

• 收集证据：保留协议原件、工资条、扣款通知等证据，证明扣款事实及金额。
  
• 协商或投诉：先与用人单位协商，若协商无果，可向当地劳动监察大队投诉（若为劳动关系）或通过民事诉讼解决。
  
• 注意时效：劳动争议申请仲裁的时效为1年，自知道权益受损之日起计算。

总结：协议条款的合法性是核心，若扣款无法律依据或显失公平，您有权要求返还。建议根据协议性质（劳动/劳务）及证据情况，选择协商、投诉或诉讼途径维权。如有进一步细节（如协议类型、扣款理由），可向我补充说明，我会为您具体分析。