针对员工自离一年后又来要工资的情况，用人单位应当采取以下步骤来处理这一问题，以确保合法合规并减少潜在的法律纠纷：
一、核实员工身份与自离情况
首先，需要核实该员工的身份信息，确认其确实曾为公司员工，并了解其自离的具体情况，包括自离时间、原因以及是否已办理离职手续等。
二、依据法律法规与公司规定核算工资
确定工资计算周期与截止日期：
- 工资计算应截止至员工实际工作的最后一天，即自离前的工作日。
核算工资项目：
- 基本工资：根据劳动合同约定的基本工资标准，结合员工实际出勤天数进行计算。
- 绩效工资：根据公司绩效考核标准和员工在自离前的表现进行核算。
- 奖金：根据员工是否符合获奖条件以及公司奖金发放政策来确定是否发放。
- 加班工资：按照平时加班1.5倍、周末加班2倍、法定节假日加班3倍的标准进行计算。
考虑工资扣除项：
- 法定扣除项：包括个人所得税、社保和公积金等，需按照国家税收法规和社保政策进行代扣代缴。
- 其他合法扣除项：如员工自离前有未归还的借款或给公司造成经济损失，可按要求从工资中扣除相应金额，但需确保扣除的合法性和合理性，且每月扣除部分不得超过员工当月工资的20%，剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
三、处理工资支付问题
支付方式：
- 应通过银行转账等可追溯的方式支付工资，以确保支付过程的透明度和可追溯性。
支付时间：
- 尽管员工自离一年后才来要工资，但用人单位仍应按照《工资支付暂行规定》的要求，在解除或终止劳动合同时（即员工自离时）一次付清工资。若当时未支付，现在应尽快补发，并说明延迟支付的原因。
支付障碍处理：
- 若当时因无法联系到员工或员工未提供有效支付账户等原因导致工资未支付，用人单位应妥善保管应支付的工资，并在障碍消除后（如现在员工来要工资时）及时支付。
四、留存证据与应对法律纠纷
留存证据：
- 用人单位需保存好考勤记录、工作成果记录、工资核算表、支付凭证等相关证据，以准确计算工资并应对可能的法律纠纷。
应对法律纠纷：
- 若员工对工资核算或支付有异议，用人单位应积极与员工沟通协商，解释工资核算的依据和支付情况。
- 若协商无果，员工可能提起劳动仲裁或诉讼，用人单位应做好应诉准备，提供相关证据以证明自己的合法性和合理性。
五、特殊注意事项
- 时效性：虽然员工自离一年后才来要工资，但用人单位仍应尽快处理，避免因拖延支付而引发更多的法律纠纷。
- 合法合规：确保所有工资处理操作均符合法律法规要求，避免违法克扣或拖延支付工资。
- 沟通协商：在处理过程中，保持与员工的良好沟通，尽量通过协商解决问题，减少不必要的法律纠纷。
综上所述，用人单位在处理员工自离一年后又来要工资的问题时，应严格遵守法律法规和公司规定，确保工资核算的准确性和支付的及时性，同时也要注意特殊情况的处理和证据的留存，以减少法律纠纷和经济损失。