针对您提出的“员工自离还要回工资公司如何处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、核心原则
员工自离后，公司仍需按照相关法律法规支付其已提供劳动对应的工资。这是基于《中华人民共和国劳动法》第五十条和《工资支付暂行规定》第九条的明确规定，即工资应以货币形式按月支付给劳动者本人，且在劳动关系解除或终止时，用人单位应一次性付清劳动者工资。
二、工资核算与支付
工资核算：
- 公司应根据员工实际出勤天数（包括加班）核算工资，包括基本工资、绩效工资、奖金以及加班工资等。
- 加班工资的计算需遵循法定标准，即平时加班1.5倍，周末加班2倍，法定节假日加班3倍。
工资支付：
- 公司应在解除或终止劳动合同时，通过银行转账等可追溯方式一次性付清员工工资，并提供工资清单。
- 若因特殊原因无法及时支付，如无法联系到员工或员工未提供有效支付账户，公司应妥善保管应支付的工资，并在障碍消除后及时支付。
三、工资扣除的合法情形
法定扣除项：
- 公司需依法代扣代缴员工的个人所得税。
- 公司需扣除员工个人应承担的社保和公积金部分。
其他合法扣除项：
- 若员工自离前有未归还的借款，公司可从工资中扣除相应金额。
- 若员工自离给公司造成经济损失，公司可按要求从工资中扣除赔偿金额，但每月扣除部分不得超过员工当月工资的20%，且剩余工资不得低于当地月最低工资标准。公司需承担举证责任，证明员工自离行为与公司损失之间的直接关联。
四、特殊情况处理与建议
与员工协商：
- 在处理自离员工工资问题时，公司可首先尝试与员工进行协商，明确工资核算与支付的具体事宜，以和平方式解决问题。
留存证据：
- 公司需保存好考勤记录、工作成果记录、借款凭证以及经济损失证明等相关证据，以准确计算工资并应对可能的法律纠纷。
法律途径：
- 若协商无果，且公司认为员工自离行为存在不当之处，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，通过法律途径维护公司权益。但需注意，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从知道或应当知道权利被侵害之日起计算。
五、综合建议
- 公司在处理自离员工工资问题时，应始终遵循法律法规要求，确保工资核算的准确性和支付的及时性。
- 公司应加强与员工的沟通与协商，尽量通过和平方式解决问题，减少法律纠纷和经济损失。
- 公司应建立健全的规章制度和考勤管理系统，以便在员工自离时能够迅速、准确地核算工资并处理相关事宜。
综上所述，员工自离后，公司仍需支付其已提供劳动对应的工资，并需遵循相关法律法规进行工资核算与支付。在处理过程中，公司应保持冷静、理性，依法维护自身权益。