结论：员工自离不要工资，公司仍需依法支付其应得工资，不得因员工自离而拒绝支付或克扣。以下是从不同角度对这一问题的详细解答：
一、法律层面
工资支付保障：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，用人单位必须依法支付劳动者应得的报酬，无论劳动者是否按程序离职。这意味着，即使员工自离，其已提供的劳动仍应获得相应报酬。
- 《工资支付暂行规定》第九条也明确规定，劳动关系解除时应一次性付清工资。因此，公司不得因员工自离而拒绝支付或克扣工资。
违约责任与赔偿：
- 若劳动合同中明确约定了提前通知期及违约金条款，且员工自离导致公司损失，公司可依据合同主张违约责任。但需注意，违约金数额不得超过法定标准或服务期尚未履行部分所分摊的培训费用。
- 公司需举证证明实际损失的存在及因果关系，否则可能面临法律风险。
二、实际操作层面
工资结算流程：
- 公司应在核实考勤记录后，于最近工资发放日通过银行转账等方式支付工资。建议保留支付凭证以规避纠纷。
- 对于未完成工作交接的情况，公司可通过书面催告要求员工配合，但不得以此为由无限期拖延工资支付。
风险防范措施：
- 公司应完善规章制度，明确界定“旷工”“自动离职”等情形及其处理流程，并通过培训确保员工知悉。
- 建立应急联络机制，在发现员工失联时及时通过短信、邮件等方式送达《限期返岗通知书》。
- 对关键岗位实施工作交接确认制度，降低因人员突然离职导致的运营风险。
三、特殊情况处理
经济损失追偿：
- 如员工自离造成直接经济损失（如设备损坏），公司可依法申请劳动仲裁索赔，但需提供充分证据支撑诉求。
- 涉及商业秘密泄露的，公司应及时采取法律手段维权，同时注意保密措施的合规性审查。
社保公积金处理：
- 自离次月起，公司应停止为员工缴纳社保公积金，但需完成减员申报以避免产生滞纳金。建议同步发送书面通知告知员工后续处理方式。
四、公司应对策略建议
主动沟通：
- 尽管员工自离，但公司仍可尝试通过电话、短信或邮件等方式与员工取得联系，了解其离职原因及是否愿意配合完成工作交接和工资结算。
依法支付工资：
- 公司应严格按照法律规定，在核实考勤记录后，于最近工资发放日支付员工应得工资。避免因拖延支付而引发不必要的法律纠纷。
保留证据：
- 公司应保留与员工自离相关的所有证据，如考勤记录、工作交接单、书面催告记录等，以备不时之需。
寻求法律帮助：
- 如员工自离给公司造成较大损失或公司面临复杂的法律纠纷，建议及时咨询专业律师，以便更好地维护公司合法权益。
最后提醒：作为公司，面对员工自离不要工资的情况，应保持冷静和理性，依法处理工资支付问题，并采取有效措施防范潜在风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。