针对员工自离公司的情况，处理方式需要依据相关法律法规以及企业内部规章制度来综合考量。以下是一些详细的处理步骤和建议：
一、法律层面的处理
判断离职性质：
- 首先，需要明确员工自离的性质。如果员工是因为公司存在违法行为（如拖欠工资、未缴纳社保等）而被迫离职，那么根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条和第四十六条的规定，公司应当支付经济补偿金。
- 如果员工是因个人原因主动离职，且没有公司违法行为作为诱因，那么公司通常无需支付经济补偿金。
支付拖欠工资和社保：
- 如果公司存在拖欠工资或未缴纳社保的情况，应当立即补发工资并补缴社保，以避免进一步的法律纠纷。
出具离职证明：
- 根据法律规定，公司应当为员工出具离职证明，这是员工后续求职或办理相关手续的重要依据。
处理经济补偿金：
- 如果员工因公司违法行为被迫离职，公司应当按照员工在本单位的工作年限，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付经济补偿金。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向员工支付半个月工资的经济补偿。
二、企业内部规章制度的处理
行政处分：
- 对于员工自离，公司可以依据内部规章制度，如员工手册或考勤管理制度，对员工进行行政处分，如按旷工处理。
单方解除劳动合同：
- 如果员工自离行为严重违反了公司的规章制度，公司有权依据相关法律法规和内部规章制度，单方解除与员工的劳动合同。
要求赔偿损失：
- 如果员工自离给公司造成了经济损失，如项目中断、客户流失等，公司有权要求员工承担相应的赔偿责任。这通常需要在劳动合同或内部规章制度中有明确约定。
违约金求偿：
- 对于违反保密义务、竞业限制以及签订专项培训协议约定服务期规定的离职人员，公司有权依据相关法律法规和合同约定，要求员工支付违约金。
三、实际操作建议
完善内部规章制度：
- 公司应当制定完善的员工手册和考勤管理制度，明确员工自离的处理方式和相关责任。
加强沟通与记录：
- 在员工自离前，公司应当尽量与员工进行沟通，了解离职原因，并做好相关记录。这有助于后续处理纠纷时提供证据。
及时办理离职手续：
- 无论员工自离的原因是什么，公司都应当及时为员工办理离职手续，包括结算工资、出具离职证明等。
寻求法律帮助：
- 如果公司在处理员工自离问题时遇到法律纠纷或不确定如何处理，应当及时寻求专业法律帮助，以确保公司的合法权益得到保障。
综上所述，处理员工自离公司的问题需要综合考虑法律层面和企业内部规章制度的要求。公司应当依法行事，同时完善内部管理，以减少类似问题的发生。