结论：超市未与员工签订合同且扣除员工三天工资的行为，在多数情况下是不合法的。以下从不同角度进行详细分析：

一、未签订劳动合同的法律后果

根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。这意味着，如果超市未与员工签订劳动合同，员工有权要求超市支付双倍工资作为补偿。

二、员工离职与工资扣除的合法性

1. 员工离职通知期限：

   • 通常情况下，员工离职应提前通知用人单位，以便用人单位有足够的时间进行工作交接和人员调整。但具体通知期限可能因劳动合同、公司规章制度或行业惯例而有所不同。
   • 在本案例中，员工头天通知第二天离职，虽然可能给超市带来一定的不便，但并不构成超市扣除工资的合法理由。

2. 工资扣除的合法性：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位不得随意扣除劳动者的工资。除非因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失，且用人单位可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
   • 在本案例中，超市扣除员工三天工资的行为，并未说明是因为员工给超市造成了经济损失，且扣除比例可能超过了法定限额（如果员工当月工资较低的话），因此这一行为很可能是不合法的。

三、建议与行动

1. 与超市协商：

   • 员工可以首先尝试与超市进行协商，说明自己的权益和超市行为的违法性，要求超市支付应得的工资和可能的双倍工资补偿。

2. 向劳动监察部门投诉：

   • 如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉超市的违法行为。劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行调查和处理，并要求用人单位支付拖欠的工资和补偿。

3. 申请劳动仲裁或提起诉讼：

   • 如果劳动监察部门的处理结果不满意，员工还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，或者向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。

进一步思考：在处理此类劳动纠纷时，员工应保留好相关证据，如工作证、工资条、考勤记录等，以便在协商、投诉、仲裁或诉讼过程中证明自己的权益。同时，员工也应了解自己的合法权益和用人单位的义务，以便在遇到类似情况时能够及时采取行动。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。