结论：超市在员工离职时扣除三天工资的做法，通常是不合法的，除非有特定的合法依据或事先约定。

分析：

1. 法律规定：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，用人单位不得无故克扣或拖欠。
   • 除非有明确的法律规定（如劳动者因个人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准），或者双方事先有合法、合理的约定，否则用人单位不得随意扣除劳动者工资。

2. 超市做法的合法性：

   • 在没有特定合法依据或事先约定的情况下，超市扣除员工三天工资的做法，很可能构成无故克扣工资，是违法的。
   • 如果超市有明确的规章制度，且该规章制度经过民主程序制定、公示，并告知了劳动者，同时该规章制度中明确规定了离职时扣除工资的情形和标准，且该标准不违反法律法规的强制性规定，那么超市的做法可能在一定程度上具有合法性。但即便如此，扣除的工资数额也应受到严格限制，不能随意扩大。

3. 员工权益保护：

   • 如果员工认为超市的做法违法，可以向当地劳动监察部门投诉，要求超市支付被扣除的工资。
   • 员工也可以依法申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。

建议：

• 对于员工：如果遇到超市无故扣除工资的情况，首先应与超市进行沟通协商，要求超市说明扣除工资的理由和依据。如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
• 对于超市：应严格遵守法律法规，不得无故克扣员工工资。如果确实需要扣除工资，应确保有明确的合法依据或事先约定，并确保扣除的数额和方式符合法律法规的规定。

可能后果：

• 如果超市无故克扣员工工资，可能面临劳动监察部门的处罚，包括责令支付被扣除的工资、加付赔偿金等。
• 超市还可能因此引发劳动争议，影响企业形象和员工士气。

总之，超市在员工离职时扣除三天工资的做法，在没有特定合法依据或事先约定的情况下，是不合法的。员工应依法维护自己的合法权益，超市也应严格遵守法律法规，避免不必要的法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。