超市离职时，工资是否会被扣除取决于多种因素，包括离职原因、公司规章制度以及是否存在需要扣除的款项等，但公司不得随意扣除员工工资。以下从不同角度为你详细分析：
一、正常离职情况下的工资计算
正常出勤工资：
- 超市员工离职时，其正常出勤工资应按照实际出勤天数和约定的薪酬构成来计算。计算公式为：日工资 = 月工资收入 ÷ 月计薪天数（通常为21.75天），应得正常出勤工资 = 日工资 × 实际出勤天数。
- 法律依据：根据《关于职工全年月平均工作时间和工资折算问题的通知》，日工资的计算方式如上所述。
加班工资：
- 如果员工在离职前有加班情况，超市应按照法律规定支付加班工资。具体计算方式根据加班类型（工作日、休息日、法定休假日）和加班时长来确定。
- 法律依据：依据相关法律法规，用人单位需按标准支付加班费，如工作日加班按不低于劳动合同规定的小时工资标准的150%支付，休息日加班按不低于日或小时工资标准的200%支付（不能安排补休的情况下），法定休假日加班按不低于日或小时工资标准的300%支付。
绩效工资或奖金：
- 根据超市的绩效工资或奖金制度及员工的绩效考核结果来确定。如果员工在离职前已完成绩效考核周期，且符合获得绩效工资或奖金的条件，超市应予以支付。
二、可能扣除的款项
员工未归还的借款：
- 如果员工在离职前有向超市借款且未归还的情况，超市有权在工资中扣除相应款项。
违反规章制度的罚款：
- 如果员工违反了超市的规章制度，且该规章制度中明确规定了罚款条款，超市可以按照规章制度扣除相应罚款。但需注意，罚款金额不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。
- 法律依据：扣除款项需有明确的法律依据或公司制度支持，且不得侵犯员工合法权益。
个人所得税和社会保险个人缴纳部分：
- 超市在支付工资时，应依法代扣代缴员工的个人所得税和社会保险个人缴纳部分。
三、特殊情况下的工资处理
试用期离职：
- 如果员工在试用期内离职，其工资不得低于本单位相同岗位最低档工资的80%，且不得低于当地最低工资标准。
经济补偿：
- 如果超市主动辞退员工且符合支付经济补偿的情形（如员工无过错被辞退、经济性裁员等），超市应按员工在本单位的工作年限支付经济补偿。具体标准为：每满一年支付一个月工资；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。
- 法律依据：根据相关法律法规，用人单位在特定情况下需支付经济补偿。
四、离职手续与法律责任
- 离职证明与手续办理：超市应在解除或终止劳动合同时出具离职证明，并在十五日内为员工办理档案和社会保险关系转移手续。
- 法律责任：如果超市未按规定支付工资或经济补偿，员工可向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助。超市将承担相应的法律责任。
总结与建议：
- 超市员工在离职时，应仔细核对工资条，确保工资计算准确无误。
- 如果超市存在随意扣除工资的情况，员工有权向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
- 为了避免纠纷，建议员工在离职前与超市就工资计算、扣除款项等事项进行明确沟通，并保留好相关证据。
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