结论：超市单方面认定员工自动离职并扣发工资的行为是否合法，需根据具体情况判断。若员工确实存在自动离职情形且未履行通知义务，超市扣发工资可能有一定合理性，但需符合法律规定；若超市无法证明员工自动离职或扣发工资不符合规定，则其行为违法，员工可依法维权。
分析说明：
自动离职的认定：
- 自动离职通常指员工未按照法律规定或劳动合同约定，提前通知用人单位即擅自离职的行为。在劳动法中，员工享有辞职权，但应提前通知用人单位，以便用人单位安排工作交接等事宜。
- 若员工确实存在自动离职情形，且未履行提前通知义务，超市作为用人单位，在员工未提供劳动的情况下，有权不支付其未出勤期间的工资。但超市需能够证明员工确实存在自动离职行为，如通过考勤记录、监控录像、同事证言等证据。
扣发工资的合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位不得无故克扣或拖欠劳动者工资。若超市仅因员工自动离职而扣发其全部或部分工资，且无法证明员工给超市造成了实际损失，则超市的行为可能构成违法。
- 若员工自动离职给超市造成了实际损失，如因员工擅自离职导致超市无法及时安排工作交接，造成业务中断或经济损失等，超市有权要求员工赔偿。但赔偿金额应限于员工给超市造成的实际损失，且超市需承担举证责任。
员工的维权途径：
- 若员工认为超市扣发工资的行为违法，可首先与超市协商解决，要求超市支付被扣发的工资。
- 若协商无果，员工可向当地劳动监察部门投诉，请求劳动监察部门介入调查并处理。
- 员工还可依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求超市支付被扣发的工资及可能的赔偿金。若对仲裁结果不服，员工还可向人民法院提起诉讼。
法律建议：
- 对于员工而言，应尽量避免自动离职行为，若确实需要离职，应提前通知用人单位并办理好工作交接等事宜。若因特殊原因无法提前通知，也应尽量与用人单位协商解决，以避免不必要的法律纠纷。
- 对于超市而言，应建立健全的考勤管理制度和离职管理制度，确保能够准确记录员工的出勤情况和离职情况。在员工离职时，应要求员工办理好工作交接等事宜，并保留好相关证据，以备不时之需。若员工存在自动离职行为且给超市造成了实际损失，超市应依法要求员工赔偿，并保留好相关证据以支持自己的主张。
可能后果：
- 若员工自动离职且未履行通知义务，超市扣发其未出勤期间的工资可能被视为合法行为，但超市需承担举证责任。
- 若超市无法证明员工自动离职或扣发工资不符合规定，则超市的行为可能构成违法，员工有权要求超市支付被扣发的工资及可能的赔偿金。若双方无法协商解决，员工可通过法律途径维权。