关于“超市让员工办理营业执照是否合法”的问题，这实际上涉及到了营业执照的办理主体以及合法合规经营的概念。

首先，我们需要明确一点：营业执照是登记主管部门依照法定条件和程序发给经营主体的准许从事某项生产经营活动的凭证。这里的“经营主体”通常指的是企业、个体工商户等经济组织，而不是个人员工。

接下来，我们分析超市让员工办理营业执照的情况：

1. 从法律角度：

   • 营业执照的办理主体应该是具有独立经营资格的经济组织，如公司、个体工商户等。员工个人通常不具备这样的资格，除非他们以个人名义注册了个体工商户或类似的经济实体。
   • 如果超市要求员工以个人名义办理营业执照，并以此名义进行经营活动，这可能涉及到法律上的风险。因为员工个人可能并不具备独立承担民事责任的能力，一旦出现问题，超市和员工个人都可能面临法律责任。

2. 从合规角度：

   • 合法合规经营不仅要求经营主体具备营业执照，还要求其经营活动与法律、规则和准则相一致。这包括但不限于市场监管、环境保护、税务等方面的规定。
   • 如果超市让员工以个人名义办理营业执照并从事经营活动，但超市实际上在控制这些经营活动（如提供货源、设定价格等），那么这种行为可能构成“挂靠”或“借用资质”，是违法的。

3. 实际操作建议：

   • 超市如果希望员工从事经营活动，应该考虑将员工纳入超市的正式经营体系中，如通过设立分支机构、加盟店等方式。
   • 如果员工确实需要以个人名义从事经营活动，那么他们应该独立注册个体工商户或类似的经济实体，并自行承担经营风险和法律责任。超市不应强制或要求员工以个人名义办理营业执照。

综上所述，超市让员工办理营业执照并以此名义进行经营活动，在大多数情况下是不合法的。这种行为可能涉及法律风险和合规问题，对超市和员工个人都不利。因此，建议超市在经营活动中遵守相关法律法规，确保合法合规经营。