结论：超市老板让员工办理超市的营业执照，这一行为是否违法，取决于具体的情况和办理方式。一般来说，如果员工是合法受托代为办理，且符合相关法律法规的规定，则不违法；但如果存在欺诈、隐瞒或违反法律法规的情况，则可能构成违法。
详细分析
合法代办的情况：
- 委托关系：如果超市老板与员工之间存在明确的委托关系，即老板委托员工代为办理营业执照，且这一委托行为是合法、自愿的，那么员工代为办理营业执照本身并不违法。
- 合法手续：员工在代为办理营业执照时，需要按照相关法律法规的规定，提交真实、有效的材料，并遵循办理流程。如果员工按照合法手续进行办理，没有欺诈、隐瞒等行为，那么这一行为是合法的。
可能违法的情况：
- 欺诈、隐瞒：如果员工在代为办理营业执照时，存在欺诈、隐瞒等行为，如使用虚假材料、冒用他人身份等，那么这一行为就构成了违法。这种行为不仅可能损害他人的合法权益，还可能对超市的声誉和经营造成严重影响。
- 违反法律法规：如果员工在代为办理营业执照的过程中，违反了相关法律法规的规定，如未经许可擅自经营、超范围经营等，那么这一行为也是违法的。这种行为可能面临行政处罚，甚至刑事责任。
特殊情况：
- 员工不知情：如果员工在不知情的情况下被老板利用来办理营业执照，且员工没有从中获得任何利益，也没有参与任何违法行为，那么员工可能不承担法律责任。但这种情况需要具体证据来支持，且员工在发现后应立即停止相关行为，并向相关部门报告。
- 老板利用员工身份：如果老板利用员工的身份信息来办理营业执照，而员工并不知情或不同意，那么老板的行为就构成了违法。员工在发现后应立即向相关部门报告，并保护自己的合法权益。
法律建议
- 对于超市老板：应确保在委托员工代为办理营业执照时，遵循相关法律法规的规定，提交真实、有效的材料，并明确委托关系和责任。避免利用员工身份进行违法活动，以免承担法律责任。
- 对于员工：在接受老板委托代为办理营业执照时，应了解相关法律法规的规定，确保自己的行为合法合规。如果发现老板存在违法或欺诈行为，应立即停止相关行为，并向相关部门报告。
可能的法律后果
- 如果员工代为办理营业执照的行为违法，可能面临行政处罚，如罚款、吊销营业执照等；情节严重的，还可能构成犯罪，面临刑事责任。
- 如果超市老板利用员工身份进行违法活动，不仅可能面临行政处罚和刑事责任，还可能对超市的声誉和经营造成严重影响，甚至导致超市倒闭。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供专业的法律意见和帮助。