结论：连锁店要求员工办理营业执照是否合法，需根据具体情况判断，一般而言，若员工以自身名义办理并承担相应责任，可能不直接违法，但存在诸多法律风险与不合规情形；若公司以不正当手段要求员工办理，则明显违法。以下从不同角度详细分析：
一、员工以自身名义办理营业执照的情形
法律关系与责任：
- 若员工以自己的名义办理营业执照，并实际承担经营活动的法律责任，从形式上看，这并不直接违反法律法规。但关键在于，员工是否真正了解并愿意承担这些责任，以及公司是否在背后操纵或利用员工名义进行经营活动。
潜在风险：
- 员工风险：员工可能因不了解经营风险而承担不必要的法律责任，如因公司经营不善导致的债务纠纷、税务问题等。
- 公司风险：公司若通过员工名义规避法律监管，如逃避税务、环保等法规要求，一旦被发现，将面临严重的法律处罚。
合规性考量：
- 即便员工以自身名义办理营业执照，若公司实际控制或主导经营活动，这种安排仍可能被视为规避法律监管的行为，从而面临合规性挑战。
二、公司以不正当手段要求员工办理营业执照的情形
明确违法性：
- 若公司通过欺诈、胁迫等手段要求员工办理营业执照，或利用员工名义进行非法经营活动，这明显违反了法律法规，如《中华人民共和国公司法》、《中华人民共和国劳动合同法》等相关规定。
法律后果：
- 公司责任：公司可能面临行政处罚，如罚款、吊销营业执照等；同时，若构成犯罪，还将承担刑事责任。
- 员工权益保护：员工有权拒绝公司的非法要求，并可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自身合法权益。
三、合规建议
对于公司：
- 应严格遵守法律法规，不得要求员工以个人名义办理营业执照进行经营活动。
- 若需设立分支机构或连锁店，应依法办理相关手续，确保经营活动的合法性和合规性。
对于员工：
- 在面对公司要求办理营业执照时，应谨慎考虑并了解相关法律责任和风险。
- 若认为公司要求不合理或存在违法情形，有权拒绝并可以向相关部门投诉或寻求法律援助。
总结：连锁店要求员工办理营业执照是否合法，需根据具体情况判断。在大多数情况下，这种安排存在诸多法律风险和不合规情形。因此，建议公司和员工均应严格遵守法律法规，确保经营活动的合法性和合规性。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。