结论概述：公司员工在履行职务时对外签订合同但未披露公司身份，发生纠纷后原告的诉讼选择主要取决于合同相对方（即原告）的认知情况以及合同的实际履行情况。一般来说，原告可能会选择起诉员工个人、公司或者同时起诉两者，具体分析如下：
起诉员工个人：
- 法律背景：如果合同相对方（原告）在签订合同时并不知道员工是代表公司行事，且合同中也没有明确表明员工是代表公司，那么原告可能会基于合同相对性原则，选择起诉员工个人。
- 可能后果：员工个人可能需要承担合同责任，包括履行合同义务、赔偿损失等。如果员工能够证明其行为是职务行为，且公司应当承担责任，员工在承担责任后可以向公司追偿。
起诉公司：
- 法律背景：如果合同相对方（原告）有理由相信员工是代表公司签订合同，例如员工出示了公司文件、名片等，或者合同内容明显涉及公司业务，且公司实际上也享受了合同带来的利益，那么原告可能会选择起诉公司。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》中关于表见代理的规定，如果相对人有理由相信行为人有代理权，那么该代理行为有效，公司应当承担合同责任。
- 可能后果：公司可能需要承担合同责任，包括履行合同义务、赔偿损失等。如果公司能够证明员工的行为并非职务行为，或者原告明知员工无代理权而仍与之签订合同，公司可能可以免除或减轻责任。
同时起诉员工和公司：
- 法律背景：在某些情况下，合同相对方（原告）可能不确定员工的行为是个人行为还是职务行为，或者为了保障自己的权益，可能会选择同时起诉员工和公司。
- 可能后果：法院将根据案件事实和法律规定，判断员工的行为是个人行为还是职务行为，以及公司是否应当承担责任。如果员工的行为是职务行为，且公司应当承担责任，那么公司和员工可能需要共同承担合同责任；如果员工的行为是个人行为，或者公司不应当承担责任，那么可能只有员工需要承担责任。
法律建议：
- 对于公司而言，应当建立健全的内部管理制度，明确员工的职责和权限，避免员工在未经授权的情况下对外签订合同。同时，公司应当加强对员工的培训和教育，提高员工的法律意识和风险意识。
- 对于员工而言，在履行职务时应当严格遵守公司的规章制度和法律法规，避免未经授权对外签订合同。如果确实需要代表公司签订合同，应当明确表明自己的身份和代理权限，并保留好相关证据。
- 对于合同相对方（原告）而言，在签订合同时应当仔细审查对方的身份和代理权限，确保自己与有权限的主体签订合同。如果发现对方可能存在无权代理的情况，应当及时要求对方提供授权文件或进行确认。
进一步思考：在实际操作中，合同纠纷的解决往往涉及到复杂的法律关系和事实认定。因此，在发生纠纷后，建议各方及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。