关于劳动合同补签不定时工作制协议的合法性，结论如下：

补签不定时工作制协议本身并不当然违法，但其合法性需结合具体情形判断，包括补签原因、程序合法性、内容合规性及是否损害劳动者权益等因素。以下从不同角度详细分析：

1. 补签协议的合法性基础

• 双方真实意思表示：补签协议需基于用人单位与劳动者平等自愿、协商一致的原则。若双方对不定时工作制的内容（如工作时间、休息休假、加班补偿等）达成合意，且无欺诈、胁迫等情形，协议原则上有效。
• 内容合法性：不定时工作制需符合《劳动法》及地方性法规的规定。例如，根据《劳动部关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》，企业需经劳动行政部门批准后方可实行不定时工作制，且适用岗位通常限于高级管理人员、外勤人员、长途运输人员等因工作性质无法按标准工时制管理的岗位。若补签协议未履行审批程序或扩大适用范围，可能因违法而无效。

2. 常见情形及法律影响

• 用人单位原因导致补签：
  • 若用人单位因管理疏忽未及时签订书面劳动合同，后续补签不定时工作制协议，需确保协议内容合法且已履行审批程序。此时，补签协议本身合法，但用人单位仍需承担自用工之日起超过一个月不满一年未签订书面劳动合同的双倍工资支付责任（补签时间在入职一个月内的情况除外）。
• 劳动者原因导致补签：
  • 若劳动者故意拖延或拒绝签订书面劳动合同，后又同意补签，且用人单位能提供充分证据证明是劳动者原因导致的延误，则用人单位在此过程中不存在过错，无需承担额外法律责任。但补签的不定时工作制协议仍需符合法定审批和岗位适用条件。
• 欺诈、胁迫等不正当手段：
  • 若补签过程中存在欺诈、胁迫等情形，导致协议非出于双方真实意愿，则该协议无效。劳动者有权请求撤销协议，并要求用人单位承担相应法律责任。
• 规避法律目的：
  • 若补签协议的目的是为了规避法律义务，如逃避加班费支付、社会保险缴纳等，则该行为不仅无效，还可能受到劳动行政部门的处罚。用人单位应依法履行其法律义务，不得通过补签协议来规避责任。

3. 不定时工作制的特殊要求

• 审批程序：企业实行不定时工作制需经劳动行政部门批准，未经批准擅自实行的，可能面临行政处罚，且劳动者有权要求按标准工时制计算加班费。
• 岗位适用性：不定时工作制仅适用于因工作性质无法按标准工时制管理的岗位。若用人单位将不定时工作制扩大适用于普通岗位，可能因违法而无效。
• 劳动者权益保障：即使实行不定时工作制，用人单位仍需保障劳动者的休息权、健康权等合法权益。例如，需合理安排工作时间，避免过度劳累；需支付法定节假日加班费（若地方性法规有规定）等。

4. 结论与建议

• 合法性判断：补签不定时工作制协议是否合法，需综合判断补签原因、程序合法性、内容合规性及是否损害劳动者权益等因素。若协议内容合法、程序合规且未损害劳动者权益，则补签协议有效；反之，则可能无效或部分无效。
• 操作建议：
  1. 提前审批：用人单位在实行不定时工作制前，应依法向劳动行政部门申请审批，确保程序合法。
  2. 明确协议内容：补签协议时，应明确约定工作时间、休息休假、加班补偿等条款，确保内容合法且符合双方真实意愿。
  3. 保留证据：双方应保留好补签协议的相关证据材料，以备不时之需。
  4. 及时咨询：若对补签协议的合法性或内容存在疑问，应及时向我咨询，以获取准确法律意见。

如有进一步疑问或需要具体法律帮助，请直接向我提问。