针对您提出的“职业病诊断证明书上用人单位主体是两家公司，怎么申请工伤认定”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，当职工同时为两家公司工作时，如果发生了工伤事故或被诊断为职业病，根据《最高人民法院关于审理工伤保险行政案件若干问题的规定》第三条第(一)项，工伤事故发生时职工为之工作的单位为承担工伤保险责任的单位。这意味着，在申请工伤认定时，您可以选择其中一家作为用人单位进行申请。

接下来，关于工伤认定的申请流程，我为您整理如下：

1. 准备申请材料：

   • 工伤认定申请表：详细填写事故发生的时间、地点、原因以及职工受伤情况等。
   • 职业病诊断证明书：这是证明您患有职业病的关键文件，需确保诊断证明书上明确列出了两家公司作为用人单位主体（但在实际申请时，您只需选择其中一家作为申请对象）。
   • 劳动关系证明：如劳动合同、工资单、工作证等，以证明您与所选用人单位之间存在劳动关系。
   • 身份证明：您的身份证或其他有效身份证件。
   • 其他相关证据：如事故现场照片、证人证言等，有助于证明工伤事故的发生和经过。

2. 选择申请对象：

   • 根据上述规定，您可以选择工伤事故发生时您为之工作的其中一家公司作为用人单位进行工伤认定申请。

3. 提交申请：

   • 将准备好的申请材料提交至所选用人单位所在地的统筹地区社会保险行政部门。在贵州省凯里市的情况下，您可以前往凯开大道北侧畅达国际广场“市民之家”三楼州政务服务中心综合服务区1-8号窗口进行提交。

4. 等待审核与决定：

   • 社会保险行政部门将在收到申请后进行审核，并在法定时限内（通常为30个工作日）作出是否认定为工伤的决定。
   • 您可以通过综合受理窗口电话、贵州政务服务网、贵州政务服务网手机APP客户端或政务服务大厅窗口等方式查询事项办理进程。

5. 后续处理：

   • 如果被认定为工伤，您将享受相应的工伤保险待遇，包括医疗费用报销、伤残津贴等。
   • 如果对工伤认定决定不服，您可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。

最后，需要提醒的是，虽然职业病诊断证明书上可能列出了两家公司作为用人单位主体，但在申请工伤认定时，您只需选择其中一家作为申请对象。同时，确保您提供的申请材料真实、完整、有效，以便顺利通过审核并获得工伤认定。

希望以上解答能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。