小客车指标租赁协议是不合法的，且存在多重法律风险。以下是对此问题的详细分析：
一、法律与政策规定
行政许可资源的专属性：小客车指标作为一种特定的行政许可资源，具有明确的专属性和管理规定。根据《北京市小客车数量调控暂行规定》及其《实施细则》，以及其他地区类似的规定，小客车指标确认通知书仅限指标所有人使用，严禁买卖、变相买卖、出租、承租、出借或借用。
法律条款的明确性：《中华人民共和国民法典》第一百五十三条规定，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。小客车指标租赁协议因违反相关政策法规的强制性规定，因此被认定为无效合同。
二、法律风险分析
合同无效风险：由于小客车指标租赁协议违反法律法规的强制性规定，该协议自始无效。这意味着双方无法通过法律途径维护自身权益，一旦发生纠纷，将面临复杂的法律问题和经济损失。
车辆登记及使用风险：在指标租赁的情况下，车辆通常登记在指标所有人名下，但实际使用人为承租人。这种不一致可能导致在发生交通事故、交通违法等情形时，指标所有人卷入不必要的法律责任中，如承担赔偿责任等。
指标收回与处罚风险：一旦相关部门发现指标租赁行为，有权收回小客车指标，并对违规者进行处罚，包括撤销机动车登记、三年内不予受理指标申请等。这将导致承租人失去车辆的合法使用依据，面临车辆无法上路行驶的困境。
信用风险：指标租赁行为还可能影响指标所有人的个人信用记录。在某些地区，违反小客车指标管理规定的行为会被纳入个人信用不良记录，对今后的信贷、出行等方面产生长远的负面影响。
三、特殊情况的考量
尽管在实际生活中可能存在某些特殊情况下的模糊地带，如家庭内部转借等，但这些情况也需要严格符合相关法律法规的规定，并不能作为普遍适用的例外。而且，即使是在家庭内部，指标转借也可能引发家庭内部的纠纷和法律风险。
四、建议与总结
避免参与指标租赁：鉴于小客车指标租赁协议的不合法性和存在的多重法律风险，强烈建议市民不要参与任何形式的指标租赁活动。
通过正规渠道获取指标：如果需要小客车指标，应通过正规渠道申请，并严格遵守相关法律法规和政策规定。
咨询专业法律意见：在涉及小客车指标等相关事宜时，如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议和指导。
综上所述，小客车指标租赁协议是不合法的，且存在严重的法律风险。为了保护自己的合法权益和避免不必要的法律纠纷，请务必遵守相关法律法规和政策规定。