员工在上班途中发生交通意外，其工资的计算确实是一个涉及多方面因素的问题，主要取决于事故责任认定、工伤认定结果以及公司的具体政策。以下是对此问题的详细解答：
一、事故责任与工伤认定
非本人主要责任的交通事故：
- 如果员工在上班途中遭遇的是非本人主要责任的交通事故，根据《工伤保险条例》的相关规定，这种情况应当被认定为工伤。
- 一旦认定为工伤，员工将享受工伤保险待遇，这包括医疗费用的报销以及停工留薪期内的工资支付。
本人主要责任的交通事故：
- 如果员工在事故中承担主要责任或全部责任，那么这种情况将不被视为工伤。
- 在这种情况下，员工的工资计算将依据公司的病假或事假制度来进行。
二、工资计算方式
认定为工伤的情况：
- 停工留薪期工资：在停工留薪期内，员工的原工资福利待遇保持不变，由所在单位按月支付。停工留薪期一般不超过12个月，特殊情况下可适当延长，但延长不得超过12个月。原工资福利待遇通常指员工受伤前12个月的平均工资，包括各种形式的工资和补贴。
- 生活护理费：如果员工因工伤导致生活不能自理，还将支付生活护理费。
未认定为工伤的情况：
- 病假工资：如果员工因交通事故受伤需要请假治疗，且公司认可其病假申请，那么公司将按照病假工资标准支付工资。病假工资的具体数额可能因地区和公司政策而异，但通常不得低于当地最低工资标准的80%。
- 事假处理：如果员工因个人原因（如本人主要责任的交通事故）导致无法正常工作，且公司不认可其病假申请，那么可能会按事假处理，事假期间通常不发工资，但具体还需看公司政策。
三、操作建议与注意事项
及时报告与申请：员工在发生交通事故后，应尽快向公司报告，并按照公司规定提交相关证明材料以申请工伤认定或病假。
保留证据：妥善保留交通事故的相关证据，如交警部门的事故认定书、医疗费用发票等，这些证据对于后续申请工伤保险待遇或与公司协商赔偿事宜至关重要。
了解公司政策：不同公司对于病假、事假的工资支付政策可能有所不同，员工应提前了解并熟悉公司的相关规定。
法律咨询：如果员工对工资计算或工伤认定有疑问，可以咨询专业律师或当地劳动监察部门以获取更准确的法律意见。
综上所述，员工在上班途中发生交通意外后的工资计算需根据具体情况来确定。建议员工在遭遇此类问题时保持冷静，及时报告并申请相关待遇，同时保留好相关证据，依法维护自身权益。