工厂工人请假超过5天扣工资500元是否违法，需分情况讨论：

1. 若工厂规章制度或劳动合同中有明确规定，且规定合法合理：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关劳动法规，用人单位有权根据自身经营需要制定规章制度，包括请假制度。若工厂规章制度或劳动合同中明确规定了请假超过一定天数将扣除相应工资，且该规定不违反法律法规的强制性规定（如不低于最低工资标准、不侵犯劳动者基本权益等），则工厂扣除工资的行为可能是合法的。
   • 但需注意：即使规章制度或劳动合同中有此规定，也需确保该规定在制定过程中经过了民主程序（如职工代表大会或全体职工讨论）并公示或告知了劳动者，否则可能因程序瑕疵而被认定为无效。

2. 若工厂规章制度或劳动合同中无明确规定，或规定违法：

   • 若工厂规章制度或劳动合同中未明确规定请假超过5天将扣除500元工资，或该规定违反了法律法规的强制性规定（如扣除后的工资低于当地最低工资标准），则工厂扣除工资的行为是违法的。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》第五十条：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”以及《工资支付暂行规定》第十五条：“用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：……（二）用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；（三）法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；（四）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。” 显然，请假超过5天扣除500元工资并不属于上述可以代扣工资的情形。

3. 关于扣除工资的合理性：

   • 即使工厂规章制度或劳动合同中有规定请假超过一定天数将扣除工资，也需考虑扣除的金额是否合理。若扣除的金额过高，可能被视为对劳动者的不公平对待，甚至可能构成变相克扣工资。
   • 建议：工厂在制定规章制度或劳动合同条款时，应充分考虑劳动者的实际情况和合理需求，确保扣除工资的金额和方式既合法又合理。

总结与建议：

• 工厂工人请假超过5天扣工资500元是否违法，需根据工厂规章制度、劳动合同以及相关法律法规进行综合判断。
• 若您认为工厂扣除工资的行为违法或不合理，建议先与工厂协商解决；若协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
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