请假超过规定天数扣工资是否违法，需分情况讨论：

1. 若公司规章制度合法且已告知员工：

   • 合法性前提：根据《劳动合同法》第四条，公司规章制度需经民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会或职工代表协商），且不违反法律、行政法规及政策规定。同时，规章制度需向员工公示或告知（如通过培训、签字确认、邮件发送等方式）。
   • 扣工资的合法性：若规章制度明确规定“请假超过X天扣工资”，且该规定符合上述合法性前提，公司扣工资的行为可能被认定为合法。但需注意，扣工资的幅度需合理，不得超过员工当月工资的20%（根据《工资支付暂行规定》第十六条，因员工原因造成经济损失的，每月扣除部分不得超过当月工资的20%）。若扣工资比例过高，可能因显失公平而被认定违法。

2. 若公司规章制度违法或未告知员工：

   • 规章制度违法：若公司规章制度未经过民主程序制定，或内容违反法律、行政法规（如规定“请假即扣全部工资”），则该规定无效，公司扣工资的行为违法。
   • 未告知员工：若公司未将规章制度向员工公示或告知，员工有权主张不知情，公司扣工资的行为同样违法。

3. 特殊情形下的扣工资限制：

   • 病假工资：根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工病假期间，公司需支付病假工资或疾病救济费，不得随意扣减。具体标准由地方规定（如上海为不低于最低工资的80%）。
   • 事假工资：事假期间，公司可不支付工资，但不得额外扣减其他工资（如奖金、津贴等），除非规章制度有明确规定且合法。

法律建议：

• 对公司：制定规章制度时，需确保程序合法、内容合理，并向员工充分告知。扣工资时，需保留书面证据（如请假单、扣款通知等），避免纠纷。
• 对员工：若公司扣工资，可要求公司出示规章制度及扣款依据。若认为公司行为违法，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，主张补发工资及赔偿。

示例：

• 合法情形：公司规章制度规定“连续事假超过5天，每天扣当日工资的50%”，且该规定经民主程序制定并告知员工。员工连续事假6天，公司扣减第6天工资的50%，合法。
• 违法情形：公司规章制度未告知员工，或规定“请假即扣全部工资”。员工请假后，公司扣减全部工资，违法。

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