在合同上写明工资为2000元，但实际工资为8000元的情况下，仲裁加班费应以实际工资8000元为计算基数。以下是对此问题的详细分析：

法律依据与原则

根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，加班费是劳动者在超出正常工作时间外提供劳动所应获得的额外报酬。其计算基数通常应以劳动者实际获得的工资为准，而非合同上可能约定的较低数额。这是因为合同上的工资数额可能并不反映劳动者的真实收入水平，特别是在存在“阴阳合同”（即一份用于备案或形式上的合同，另一份为实际执行的合同）的情况下。

实际工资作为计算基数的合理性

1. 真实反映劳动价值：实际工资是劳动者实际获得的报酬，更能真实反映其劳动价值。以实际工资为计算基数，能够确保加班费与劳动者的实际付出相匹配。

2. 避免不公平待遇：如果仅以合同上的较低工资为计算基数，将可能导致劳动者在加班时获得不公平的报酬，损害其合法权益。

3. 符合立法目的：劳动法的立法目的之一是保护劳动者的合法权益，确保其在提供劳动时获得合理的报酬。以实际工资为计算基数，更符合这一立法目的。

可能的争议与解决

尽管以实际工资为计算基数在理论上更为合理，但在实际操作中，可能会遇到一些争议。例如，用人单位可能主张以合同上的工资为计算基数，以减少加班费的支付。在这种情况下，劳动者可以通过以下途径维护自己的权益：

1. 收集证据：劳动者应收集能够证明自己实际工资水平的证据，如工资条、银行转账记录、同事证言等。

2. 申请仲裁或提起诉讼：如果与用人单位无法就加班费计算基数达成一致，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或向人民法院提起诉讼，要求以实际工资为计算基数支付加班费。

实际操作建议

1. 在签订劳动合同时，应明确约定工资构成和加班费计算基数：虽然合同上的工资数额可能并不完全反映实际工资水平，但明确约定工资构成和加班费计算基数可以减少后续争议的可能性。

2. 保留好相关证据：劳动者应妥善保管工资条、银行转账记录等能够证明自己实际工资水平的证据，以便在需要时提供证明。

3. 及时咨询专业律师：如果遇到加班费计算方面的争议或问题，劳动者应及时咨询专业律师，了解自己的权益和维权途径。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。