结论前置：员工销售额不达标扣工资是否合法，主要取决于劳动合同及公司内部规章制度的具体规定，以及这些规定的制定和执行是否符合法律法规。若合同或规章中有明确且合法的约定，且执行过程不违反法律规定，则扣工资可能合法；反之，则可能构成违法行为。
合法情况分析
劳动合同有明确约定：
- 如果劳动合同中明确规定了销售额考核标准及未达标时的扣工资条款，并且这些条款不违反法律法规的强制性规定（如扣减后工资不低于最低工资标准），那么公司可以依照约定扣减工资。
- 举例：劳动合同中约定，员工每月销售额需达到10万元，若未达到，则按未达标部分的5%扣减工资，但扣减后工资不低于当地最低工资标准。在此情况下，若员工销售额未达标，公司按约定扣减工资是合法的。
规章制度合法有效：
- 公司制定的涉及扣工资的规章制度必须经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并向劳动者公示。
- 业绩考核指标应当明确、具体、合理且可衡量，基于市场情况、公司过往业绩及员工能力等因素制定。
- 扣工资的幅度应在合理范围内，不得过于严苛，且扣减后工资同样不得低于当地最低工资标准。
- 举例：公司规章制度规定，销售人员每月销售额需达到公司设定的目标值，若未达到，则按未达标部分的3%扣减工资，但扣减后工资不低于当地最低工资标准。该规章制度经过民主程序制定并公示，员工知晓并同意。在此情况下，若员工销售额未达标，公司按规章制度扣减工资是合法的。
非法情况分析
缺乏有效依据：
- 如果劳动合同中没有相关约定，且公司规章制度中也未明确提及销售额不达标扣工资的事项，公司不能随意以销售额不达标为由扣减员工工资。
- 举例：劳动合同中未提及销售额考核及扣工资事项，公司规章制度中也无相关规定。在此情况下，若公司以员工销售额不达标为由扣减工资，则构成违法行为。
考核标准不合理：
- 业绩考核指标设定不合理、不科学，导致绝大多数员工都无法完成，以此为由扣工资属于违法行为。
- 举例：在市场淡季，公司要求销售人员达到旺季的销售业绩标准，明显超出实际可达成范围。若以此为由扣减员工工资，则构成违法行为。
扣工资后低于最低工资标准：
- 即使员工销售额不达标，公司扣工资后使得员工工资低于当地最低工资标准，也是违法的。最低工资标准是保障劳动者基本生活的底线，公司不能突破这个限制。
- 举例：员工原工资为3000元，当地最低工资标准为2500元。若公司以员工销售额不达标为由扣减工资500元，导致员工工资降至2500元以下，则构成违法行为。
劳动者权益保护措施
当劳动者遇到公司以销售额不达标为由扣减工资的情况时，可以采取以下措施来保护自己的合法权益：
与雇主协商：首先尝试与公司进行沟通协商，了解扣减工资的具体原因和依据，并表达自己的意见和诉求。
向劳动监察部门投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，请求相关部门介入调查并处理。
提起劳动仲裁或诉讼：在必要时，劳动者可以选择提起劳动仲裁或诉讼来维护自己的权益。根据相关法律法规，用人单位克扣劳动者工资的，由劳动行政部门责令其支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金。
综上所述，员工销售额不达标扣工资是否合法需综合考虑多方面因素。劳动者在面对此类问题时，应充分了解相关法律法规，积极维护自身合法权益；同时，公司也应确保规章制度的合法性和合理性，以避免不必要的法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。