针对您提出的“业绩不达标扣工资扣1000合法吗以及该怎么办”的问题，我将从合法性和应对措施两个方面为您详细解答。
一、业绩不达标扣工资的合法性分析
有合法约定的情况：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了业绩考核标准及未达标时的扣工资方式，并且这些规定已经过民主程序制定、公示或告知了劳动者，那么在此情况下，用人单位按照约定扣减工资是合法的。但需要注意的是，即使合法，扣减的金额也不能超过法定限度，且扣减后的工资不得低于当地最低工资标准。
无合法约定或违法的情况：
- 如果劳动合同或规章制度中未明确规定业绩与工资挂钩的具体办法，或者虽有规定但未经法定程序制定和公示，用人单位随意以业绩不达标为由扣减工资，这就构成了克扣工资，属于违法行为。
- 另外，如果因业绩不达标扣减后，您的工资低于了当地最低工资标准，那么这种扣工资行为也是违法的。
二、应对措施
与用人单位协商：
- 当您发现工资被扣后，首先应该尝试与用人单位进行沟通，了解扣工资的具体依据和计算方式。您可以提出自己的意见和诉求，比如要求用人单位提供扣工资的合法依据，或者协商调整扣减的金额等，争取通过协商达成解决方案。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果协商无果，您可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。在仲裁过程中，您需要准备充分的证据来支持自己的主张，比如劳动合同、工资条、业绩考核记录等。如果对仲裁裁决不服，您还可以进一步向人民法院提起诉讼。
加强合同签订前的审查：
- 为了避免未来可能出现的类似纠纷，建议您在签订劳动合同时仔细审查合同条款，特别是关于劳动报酬、绩效考核及扣罚规定等内容。确保这些条款明确、合法，并且充分保障了您的权益。
综上所述，业绩不达标扣工资是否合法取决于劳动合同及公司内部规章制度的具体规定以及这些规定的制定和执行是否符合法律法规。如果您认为用人单位的扣工资行为违法，可以通过与用人单位协商、申请劳动仲裁或提起诉讼等方式来维护自己的合法权益。同时，也建议您在签订劳动合同时加强审查，以避免未来可能出现的纠纷。