针对您提出的问题，即职工在单位工作二年生病三个月的医疗期已满仍不来单位上班的处理方式，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，当职工的医疗期满后，如果其仍然因病无法来单位上班，这通常意味着该职工“不能从事原工作”。在此情况下，作为用人单位，我们建议您首先要求劳动者书面确认其“不能从事原工作”的情况。这一步骤是为了确保双方对职工的工作能力有明确的认知，并为后续的处理提供依据。

接下来，企业应当根据职工的实际情况，为其另行安排合适的工作。这一安排应当充分考虑职工的身体状况、技能水平以及岗位需求等因素，确保新工作既不会对职工的健康造成进一步影响，又能使其能够胜任。在安排新工作后，企业应通知职工上班，并明确告知其如果继续请假不来上班，将构成“不能从事由用人单位另行安排的工作”。同样，这一情况也需要职工书面确认。

如果职工在接到通知后，仍然选择继续请假不来上班，那么根据《劳动合同法》第四十条第一项的规定，单位可以提前三十日以书面形式通知职工本人，或者选择额外支付职工一个月工资（即代通知金）后，解除与职工的劳动合同。这一步骤需要严格遵守法律法规，确保程序的合法性和正当性。

此外，如果双方对职工是否能够从事原工作或者新工作存在争议，那么可以根据当地的规定进行劳动能力（复工）鉴定。这一鉴定结果将作为处理双方争议的重要依据，有助于确保处理结果的公正性和合理性。

最后，需要强调的是，无论采取何种处理方式，企业都应当依法支付相应的经济补偿。这是保障职工合法权益的重要体现，也是企业履行社会责任的必要举措。

综上所述，针对职工在医疗期满后仍不来上班的情况，企业应当首先要求职工书面确认其工作能力情况，然后为其另行安排工作并通知上班。如果职工仍然不来上班，企业可以根据法律法规解除劳动合同，并依法支付经济补偿。如有争议，可进行劳动能力鉴定以作为处理依据。希望这些解答能够对您有所帮助。