针对“员工休病假两年后还不来上班怎么处理”这一问题，核心前提是员工长期休病假且超出合理期限未返岗，企业需依法、合规且人性化地处理，避免劳动纠纷。以下是具体处理建议：

1. 核查病假合法性及医疗期

• 医疗期期限：根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，医疗期长度与员工工龄及在本单位工作年限挂钩（如3-24个月）。若员工已休满法定医疗期，企业可启动后续程序；若未休满，需继续保障其病假权利。
• 证明材料审核：要求员工提供医院出具的病假证明、诊断书等材料，核实其病情真实性及是否需继续休养。若材料缺失或存疑，可书面要求员工补充或说明。

2. 医疗期满后的处理流程

• 书面通知返岗：医疗期满后，企业应向员工发送《返岗通知书》，明确要求其在规定期限内返岗工作，并告知逾期未返岗的后果（如视为旷工、解除劳动合同等）。
• 协商调岗或能力评估：若员工因病情无法从事原岗位，企业可与其协商调岗至适合其身体状况的岗位，并签订书面调岗协议。若员工拒绝调岗或无法胜任新岗位，企业可依据《劳动合同法》第40条解除劳动合同，但需支付经济补偿金（N倍月工资）。

3. 解除劳动合同的合法程序

• 提前通知或代通知金：若选择解除合同，企业需提前30日书面通知员工，或支付1个月工资作为代通知金。
• 支付经济补偿：根据员工工作年限，按每满1年支付1个月工资的标准支付经济补偿（6个月以上按1年计算，不满6个月按0.5个月计算）。
• 出具解除证明：解除合同后，企业需在15日内为员工出具离职证明，并办理档案和社会保险关系转移手续。

4. 特殊情况处理

• 疑似“泡病假”：若企业怀疑员工虚假病假，可委托第三方机构进行劳动能力鉴定，或通过走访医院、调取病历等方式核实。若查实虚假病假，企业可依据规章制度按旷工处理，甚至解除合同无需支付补偿。
• 员工主张继续休养：若员工提供新证据证明需延长病假（如重大疾病），企业需重新评估医疗期，或引导其申请劳动能力鉴定，根据结果调整处理方案。

5. 风险防范建议

• 完善规章制度：在员工手册中明确病假申请流程、医疗期计算方式、逾期未返岗的处理规则，并经民主程序公示。
• 留存书面证据：所有通知、沟通记录需以书面形式留存（如EMS邮寄、邮件确认），避免口头沟通无凭证。
• 避免违法解除：切勿直接以“旷工”为由解除合同而不履行前置程序（如返岗通知、调岗协商），否则可能构成违法解除，需支付2N倍赔偿金。

总结：企业需先核实医疗期及病假合法性，再通过返岗通知、调岗协商等步骤推进，最终依法解除合同并支付补偿。处理过程中务必保持程序合规、证据充分，以降低法律风险。如有具体案例或细节需进一步分析，可直接向我咨询。