针对您提出的“单位员工因病已休假两年后不来上班怎么办”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，员工因病休假两年后不来上班，这一情况涉及多个方面的考量，包括公司的规章制度、劳动合同的约定以及相关法律法规的规定。
一、了解具体情况与原因
与员工沟通：
- 作为单位，应首先主动与员工取得联系，了解其不来上班的具体原因。
- 询问员工是否仍在接受治疗，是否有医疗证明或医生建议其继续休假。
- 要求员工提供相关的医疗证明或休假申请，以便单位进行后续处理。
审查公司规章制度：
- 回顾公司的请假制度、病假管理规定等，确认员工休假是否符合公司规定。
- 检查员工是否已按照公司要求提交了必要的请假手续和医疗证明。
二、判断员工行为的合法性
查阅劳动合同：
- 仔细审阅劳动合同中关于病假、医疗期、解除劳动关系等条款。
- 确认员工休假是否超出了合同约定的医疗期或病假期限。
依据法律法规：
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，企业职工因病需停止工作医疗时，享有一定期限的医疗期。
- 医疗期满后，若员工仍不能从事原工作也不能从事由用人单位另行安排的工作的，用人单位可以解除劳动合同，但需按照相关规定支付经济补偿。
三、采取相应措施
协商与沟通：
- 若员工因特殊原因（如仍在治疗、康复中）无法立即返回工作岗位，单位可与员工协商延长休假期限或调整工作安排。
- 协商过程中，应保持冷静理性，提出合理建议，并尽量达成双方都能接受的解决方案。
发出书面通知：
- 若员工无正当理由长期不来上班，且已超出医疗期或病假期限，单位可向员工发出书面通知，要求其返回工作岗位或说明情况。
- 通知中应明确告知员工若不按时返回工作岗位或未提供合理理由，单位将依据公司规章制度和法律法规采取相应措施。
解除劳动合同：
- 若员工在收到书面通知后仍未返回工作岗位或未提供合理理由，且已超出医疗期或病假期限，单位可依据劳动合同和法律法规的规定解除劳动合同。
- 解除劳动合同前，应确保已按照相关规定支付了经济补偿（如适用）。
寻求法律协助：
- 在处理过程中，若遇到复杂情况或法律纠纷，单位可寻求专业律师的协助。
- 律师能够提供专业的法律意见和指导，帮助单位更好地维护自身权益。
四、注意事项
保留证据：
- 在整个处理过程中，单位应保留好所有相关证据，包括劳动合同、请假申请、医疗证明、书面通知等。
- 这些证据对于后续可能的法律纠纷或维权至关重要。
关注员工身心健康：
- 在处理员工不来上班的问题时，单位也应关注员工的身心健康状况。
- 若员工确实存在健康问题，单位可提供必要的帮助和支持，如协助联系医疗机构、提供心理咨询等。
遵循法律法规：
- 在处理过程中，单位应始终遵循相关法律法规的规定，确保处理行为的合法性和合规性。
- 避免因处理不当而引发法律纠纷或损害单位声誉。
综上所述，针对员工因病已休假两年后不来上班的情况，单位应首先了解具体情况与原因，判断员工行为的合法性，并根据实际情况采取相应措施来维护自身权益。在整个处理过程中，保留证据、关注员工身心健康以及遵循法律法规都是非常重要的。