结论：公司因您醉驾被判入狱而出具自愿离职证明的行为，其合法性需分情况讨论，主要取决于您是否真正表达了自愿离职的意愿以及公司出具该证明的具体背景和目的。
分析：
若您确实表达了自愿离职的意愿：
- 在这种情况下，即使您因醉驾被判入狱，公司出具自愿离职证明也是合法的。因为自愿离职是您个人意愿的体现，公司只是根据您的意愿出具了相应的证明文件。
- 但需要注意的是，自愿离职并不意味着您放弃了因醉驾可能产生的其他法律责任或权益，如刑事责任、民事赔偿责任等。这些责任或权益的承担与自愿离职无关。
若您并未表达自愿离职的意愿，而是公司单方面出具了自愿离职证明：
- 在这种情况下，公司的行为可能涉嫌违法。因为自愿离职证明应当基于员工的真实意愿出具，如果公司未经您同意或未与您协商一致就单方面出具该证明，可能构成对您的权益的侵害。
- 特别是当您因醉驾被判入狱而暂时无法履行工作职责时，公司应当根据相关法律法规和劳动合同的约定，妥善处理您的劳动关系问题，如协商解除劳动合同、支付经济补偿等，而不是单方面出具自愿离职证明。
法律建议：
- 如果您认为公司出具自愿离职证明的行为违法或不当，您可以先与公司进行沟通协商，要求公司撤销或更正该证明。
- 如果沟通协商无果，您可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
- 同时，您也需要认识到醉驾行为的严重性和法律后果，积极承担相应的法律责任，如接受刑事处罚、赔偿损失等。
可能后果：
- 如果公司出具自愿离职证明的行为被认定为违法或不当，公司可能需要承担相应的法律责任，如支付赔偿金、恢复劳动关系等。
- 而您作为醉驾行为的主体，也需要承担相应的刑事责任和民事赔偿责任，这可能会对您的个人声誉、职业发展和生活造成严重影响。
总结：公司因您醉驾被判入狱而出具自愿离职证明的行为是否合法，取决于您是否真正表达了自愿离职的意愿以及公司出具该证明的具体背景和目的。如果您对此有疑问或认为公司的行为违法或不当，建议您及时咨询专业律师或向相关部门投诉申请仲裁，以维护自己的合法权益。同时，您也需要积极承担醉驾行为带来的法律责任。