结论前置：劳动合同中约定“必须干半年以上，否则支付违约金3000元”的条款，在大多数情况下是不合法的，属于无效条款。但这并不意味着所有类似条款都必然无效，具体还需结合实际情况判断。
一、法律背景与规定
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者约定违约金的情形仅限于两种：
服务期约定：用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。但违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用，且用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
竞业限制约定：对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
除了上述两种情形外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。因此，您提到的“必须干半年以上，否则支付违约金3000元”的条款，并不属于上述两种合法情形之一，因此该条款在法律上是无效的。
二、条款无效的法律后果
由于该条款违反了法律的强制性规定，因此它自始无效，对劳动者不具有法律约束力。这意味着，即使劳动者未按照劳动合同约定的期限工作，也无需支付该违约金。用人单位不能以此为由要求劳动者承担违约责任。
三、可能存在的例外情况
虽然上述条款在大多数情况下是不合法的，但也不能完全排除存在例外情况的可能性。例如，如果用人单位能够证明该条款是基于某种特殊原因（如行业特殊性、岗位特殊性等）而必须设定的，并且该条款的设定并未违反法律的强制性规定和公序良俗，那么该条款可能在一定程度上具有合法性。然而，这种情况在实践中是非常罕见的，且需要用人单位承担举证责任。
四、建议与行动
审查劳动合同：建议您仔细审查劳动合同中的其他条款，确保没有其他违法或不合理的内容。
与用人单位沟通：如果您对劳动合同中的某些条款存在疑问或不满，可以与用人单位进行沟通，尝试协商修改或删除相关条款。
寻求法律帮助：如果用人单位拒绝修改或删除违法条款，或者您因此遭受了损失，您可以寻求法律帮助，通过法律途径维护自己的合法权益。
最后，劳动合同是劳动者与用人单位之间的重要法律文件，它关系到双方的权益和义务。因此，在签订劳动合同时，请务必仔细阅读并理解合同条款的内容，确保自己的权益得到充分保障。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。