结论概述：原合同约定诉讼管辖而后又约定仲裁的情况，主要涉及合同条款变更的效力问题。具体处理方式需根据合同变更的形式、内容以及双方当事人的真实意思表示等因素综合判断。以下从不同角度进行详细分析。
一、合同变更的效力
书面变更原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人协商一致，可以变更合同。合同变更通常应当采用书面形式，以确保变更内容的明确性和可证明性。
- 若原合同中已明确约定了诉讼管辖条款，而后双方又通过书面协议将争议解决方式变更为仲裁，且该变更协议符合法律规定的生效条件（如双方签字或盖章、内容合法等），则该变更协议有效，双方应受其约束。
意思表示真实：
- 合同变更的关键在于双方当事人的真实意思表示。若一方主张变更合同，但另一方否认或提出异议，且无法证明双方已就变更达成一致意见，则变更协议可能被认定为无效。
- 在实践中，若双方通过电子邮件、短信、微信等电子方式就变更争议解决方式达成一致，并保留了相关证据，这些证据在符合电子证据规则的前提下，也可以作为证明变更协议有效的依据。
二、仲裁条款的独立性
仲裁条款的独立性原则：
- 仲裁条款具有独立性，即仲裁条款的效力不受主合同效力的影响。即使主合同无效、被撤销或终止，仲裁条款仍然有效，除非双方另有约定或法律另有规定。
- 因此，若原合同中的诉讼管辖条款被变更为仲裁条款，且该仲裁条款符合法律规定的生效条件，则双方应就该仲裁条款的效力进行确认，并按照仲裁条款的约定解决争议。
仲裁条款的效力确认：
- 若一方对仲裁条款的效力提出异议，可以请求仲裁委员会作出决定或者请求人民法院作出裁定。一方请求仲裁委员会作出决定，另一方请求人民法院作出裁定的，由人民法院裁定。
- 在确认仲裁条款效力的过程中，法院或仲裁委员会将审查仲裁条款是否符合法律规定的生效条件，以及双方是否就仲裁条款的变更达成一致意见。
三、实际操作建议
审查合同变更协议：
- 在遇到原合同约定诉讼管辖而后又约定仲裁的情况时，首先应审查双方是否签订了书面的变更协议，并确认该变更协议是否符合法律规定的生效条件。
保留相关证据：
- 若双方通过电子方式就变更争议解决方式达成一致，应保留相关电子证据（如电子邮件、短信、微信聊天记录等），以备不时之需。
及时咨询专业律师：
- 由于合同变更和仲裁条款的效力问题涉及复杂的法律关系和法律规定，建议在遇到相关问题时及时咨询专业律师，以便获得更具体、更专业的法律建议。
示例说明：假设甲乙双方签订了一份买卖合同，原合同中约定了诉讼管辖条款。后因某种原因，双方通过书面协议将争议解决方式变更为仲裁，并明确了仲裁机构和仲裁规则。在此情况下，若双方发生争议，应按照变更后的仲裁条款约定提交仲裁解决。若一方对仲裁条款的效力提出异议，可以请求仲裁委员会作出决定或者请求人民法院作出裁定。
进一步思考：在实际操作中，合同变更和仲裁条款的效力问题可能涉及更多复杂的法律关系和事实情况。因此，在处理此类问题时，应充分考虑各种因素，并遵循法律规定的程序和要求。若您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。