当合同中既约定了仲裁又约定了诉讼时，原则上仲裁协议无效，双方应根据实际情况选择通过诉讼解决争议，或者重新达成有效的仲裁协议。以下是对这一问题的详细分析：
一、仲裁协议无效的法律依据
《中华人民共和国仲裁法》的相关规定：
- 根据《仲裁法》第十六条，仲裁协议应当具有请求仲裁的意思表示、仲裁事项以及选定的仲裁委员会。若合同中同时约定了仲裁和诉讼，则违反了仲裁的惟一性和终局性，因此仲裁协议无效。
- 《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国仲裁法〉若干问题的解释》第七条进一步明确，当事人约定争议可以向仲裁机构申请仲裁也可以向人民法院起诉的，仲裁协议无效。
仲裁与诉讼的相互排斥性：
- 仲裁和诉讼是两种相互排斥的纠纷解决方式。一旦约定了仲裁，就应当通过仲裁方式解决纠纷，而不能再向法院起诉。因此，合同中同时约定仲裁和诉讼，会导致纠纷解决方式的不明确和程序混乱。
二、处理方式及例外情况
通过诉讼解决纠纷：
- 在仲裁协议无效的情况下，双方当事人可以通过诉讼方式解决争议。任何一方均可向有管辖权的人民法院提起诉讼，法院将依据民事诉讼的相关程序和实体法律规定来审理案件并作出判决。
重新达成仲裁协议：
- 如果双方仍然希望通过仲裁解决争议，可以重新协商并达成一个明确的、符合《仲裁法》规定的仲裁协议，然后提交给选定的仲裁委员会进行仲裁。
特殊例外情况：
- 仲裁裁决有效的情况：如果一方向仲裁机构申请仲裁，另一方未在仲裁庭首次开庭前对仲裁协议的效力提出异议，而后仲裁机构作出裁决的，该仲裁裁决有效。这是因为当事人在知晓存在仲裁协议且未在规定时间内提出异议，被视为放弃了对仲裁协议效力提出质疑的权利，通过实际行为认可了仲裁协议的效力。
- 法院继续审理的情况：实践中，如果一方已经向法院提起诉讼，另一方未提出管辖权异议并应诉答辩的，受诉法院可以继续审理。这种情况下，视为双方当事人通过行为选择了诉讼方式解决纠纷，法院取得对该案件的管辖权。
三、实际应用与案例分析
- 案例示例：甲公司与乙公司签订的合同中约定，双方如发生争议，既可以向A仲裁委申请仲裁，也可以向合同签订地的B法院提起诉讼。在此情况下：
- 如果甲公司向A仲裁委申请仲裁，且乙公司未在仲裁庭首次开庭前提出异议，那么A仲裁委可以对案件进行审理并作出裁决。
- 如果乙公司在仲裁庭首次开庭前提出异议，指出仲裁协议无效，那么甲、乙公司之间的纠纷就只能通过向有管辖权的法院提起诉讼来解决。
四、注意事项与建议
明确选择纠纷解决方式：
- 在签订合同时，双方应明确选择仲裁或诉讼作为争议解决方式，避免后续出现管辖争议。如果选择仲裁作为争议解决方式，应确保仲裁协议的内容完整、明确，符合《仲裁法》的规定。
确保诉讼管辖的约定有效：
- 如果选择诉讼作为争议解决方式，应确保约定符合《民事诉讼法》关于协议管辖的规定，以确保约定的有效性。例如，协议管辖只适用于合同纠纷，且仅适用于第一审案件；必须采用书面形式，并在法律规定的范围内进行选择；当事人选择法院时，必须做确定的、单一的选择，不得选择两个或两个以上的法院。
及时提出异议或申请：
- 在纠纷发生后，如果一方选择仲裁而另一方有异议，或者一方选择诉讼而另一方认为应通过仲裁解决，应及时在规定期限内提出异议或申请，以确保自身权益得到有效保护。
综上所述，当合同中既约定了仲裁又约定了诉讼时，双方应了解该仲裁约定通常被视为无效，并根据实际情况选择合适的争议解决方式。通过明确的法律依据和实际操作建议，希望能够帮助你在遇到类似情况时做出正确的决策。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。