项目期限三年，合同每年一签，这种做法在多数情况下是合法的，但具体还需根据合同类型和实际情况来判断。以下是从不同角度的详细分析：
一、民事合同角度
在民事合同领域，如租赁合同、服务合同等，双方基于平等、自愿、公平的原则，可以协商一致约定合同期限为三年，并选择每年一签的方式。只要合同内容不违反法律法规的强制性规定，不损害国家利益、社会公共利益以及他人合法权益，这样的约定即为合法有效。例如，租赁合同中双方约定租赁期限为三年，但选择每年签订一次合同，以明确每年的具体条款和条件，这是完全合法的。
二、劳动合同角度
合法性基础：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同分为固定期限劳动合同、无固定期限劳动合同和以完成一定工作任务为期限的劳动合同。其中，固定期限劳动合同是指用人单位与劳动者约定合同终止时间的劳动合同，其具体期限长短可由双方协商确定。因此，三年期限但每年一签的劳动合同，在本质上仍属于固定期限劳动合同，符合《劳动合同法》的规定。
特殊情形下的限制：
- 若劳动者在同一用人单位连续工作满十年，或者连续订立二次固定期限劳动合同且没有法定过错情形（如严重违反用人单位规章制度、不能胜任工作等），当劳动者提出或者同意续订、订立劳动合同时，除劳动者主动提出订立固定期限劳动合同外，用人单位应当与劳动者订立无固定期限劳动合同。此时，若用人单位仍坚持每年一签，且未满足订立无固定期限劳动合同的条件，则可能构成违法行为。
- 在签订劳动合同时，双方必须遵循平等自愿、协商一致的原则，并确保合同内容全面、合法，特别是关于试用期、工作内容、工作地点、劳动报酬、工作时间和休息休假等关键条款，必须符合《劳动合同法》的相关规定。若合同内容存在违法或不合理之处，即使每年一签，也可能引发法律纠纷。
三、实际操作建议
明确合同条款：
- 无论民事合同还是劳动合同，在每年签订新合同时，都应明确约定合同期限、双方权利义务、违约责任等关键条款，以避免因条款不清而引发的纠纷。
遵守法律法规：
- 在签订和履行合同过程中，双方应严格遵守相关法律法规的规定，确保合同内容的合法性和有效性。特别是劳动合同领域，用人单位应充分了解并遵守《劳动合同法》中关于固定期限劳动合同和无固定期限劳动合同的规定。
及时沟通协商：
- 在合同履行过程中，若双方因各种原因需要变更合同内容或提前终止合同，应及时沟通协商并达成一致意见。通过友好协商解决争议，有助于维护双方的合法权益和合作关系。
总结来说，项目期限三年但合同每年一签的做法在多数情况下是合法的，但具体还需根据合同类型和实际情况来判断。在签订和履行合同过程中，双方应严格遵守相关法律法规的规定，明确合同条款并加强沟通协商，以避免因合同问题而引发的法律纠纷。若您在合同签订或履行过程中遇到任何法律问题，可以直接向我咨询。