项目合作期满5年，但合同期只签三年，这样的约定是合法的。以下从几个角度为您详细分析：

1. 合同期限的自主性：

   • 合同期限是合同双方当事人协商确定的重要内容。只要双方出于真实意愿，且不违反法律法规的强制性规定，那么约定的合同期限就是有效的。因此，即使项目合作期满5年，双方也可以选择只签订三年的合同。

2. 合同期限的灵活性：

   • 合同期限并非一成不变，双方可以根据项目进展、市场变化等因素，在合同到期前协商续签或修改合同期限。如果三年后双方仍希望继续合作，可以重新签订合同或签订补充协议来延长合作期限。

3. 合同履行的稳定性：

   • 三年的合同期限对于双方来说，可以提供一定的合作预期和稳定性。在这三年内，双方可以按照合同约定全面履行自己的义务，开展业务合作。如果一方违反合同约定，另一方有权依据合同条款和相关法律规定追究其违约责任。

4. 合同争议的解决：

   • 如果在合同履行过程中出现争议，双方可以通过协商、调解、仲裁或者诉讼等方式解决。这些解决方式都有相应的程序和要求，当事人需要根据具体情况选择合适的方式来维护自己的合法权益。

法律建议：

• 在签订合同时，双方应明确合同期限、合作内容、权利义务等关键条款，并确保这些条款符合法律法规的强制性规定。
• 如果项目合作期较长，但双方希望保持一定的灵活性，可以在合同中约定续签或修改合同期限的条件和程序。
• 在合同履行过程中，双方应严格按照合同约定履行自己的义务，避免出现违约行为。如果发生争议，应及时通过合法途径解决。

可能的法律后果：

• 如果合同期限约定合法且双方履行了合同义务，那么合同将按照约定到期终止。
• 如果一方违反合同约定，另一方有权追究其违约责任，并可能要求赔偿因此造成的损失。
• 如果合同期限约定违反法律法规的强制性规定，那么该约定可能被认定为无效，双方需要重新协商或依据法律规定处理。

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