事业单位可以实行多种工资制度，但具体是否合法需根据实际情况判断。以下是关于事业单位工资制度的详细解释：

1. 工资构成与原则：

   • 事业单位的工资主要由基本工资、绩效工资以及津贴补贴构成，体现了按劳分配、与公益性质相适应以及工资正常增长等原则。
   • 基本工资包括岗位工资和薪级工资，绩效工资根据工作表现和业绩确定，津贴补贴则是对特定条件下工作的人员的额外补偿。

2. 合法性的判断依据：

   • 事业单位实行何种工资制度，需遵循国家相关法律法规和政策规定。
   • 若事业单位的工资制度符合法律法规，且经过相关部门审批或备案，则视为合法。
   • 若工资制度存在违法违规情况，如未经审批、违反最低工资标准、未按规定缴纳社会保险等，则视为不合法。

3. 两种工资制度的情况：

   • 若事业单位内部存在两种或多种工资制度，需确保每种制度都符合法律法规，且制度之间不存在冲突或矛盾。
   • 若两种工资制度分别适用于不同岗位或人员类别，且均经过合法审批，则同时实行两种工资制度是合法的。
   • 但若其中一种或多种工资制度存在违法违规情况，或制度之间产生冲突，则可能引发法律纠纷或风险。

综上所述，事业单位可以实行多种工资制度，但每种制度都需符合法律法规，并确保制度之间的协调性和一致性。若对具体工资制度存在疑问或争议，建议咨询当地人力资源和社会保障部门或专业律师进行解答。