拿两种工资是否违法，需根据具体情况来判断。以下是从不同角度进行的详细分析：
一、合法情况
兼职或非全日制用工：
- 劳动者可以与两家公司分别建立合法的劳动关系，例如一家为全职工作，另一家为兼职（非全日制）工作。在这种情况下，两家公司分别支付工资是合法的。比如，小张在A公司全职工作，同时在B公司兼职，B公司按小时支付兼职报酬，这是完全合法的。
集团公司或关联公司特殊安排：
- 在集团公司或关联公司中，因业务需要或人员调配，员工可能为多个公司提供服务，并由多个公司发放工资。只要这种安排符合公司内部规定和相关法律法规，即为合法。例如，小李根据集团安排同时为C公司和D公司服务，两公司根据工作量分别发放工资，这也是合法的。
企业正常管理安排下的工资拆分：
- 有些企业根据自身的薪酬管理制度，将工资合理拆分为基本工资、绩效工资等不同部分，并在不同时间发放。只要两次发放的工资总额不低于当地最低工资标准，且符合劳动合同的约定，这种做法就是合法的。例如，每月月初发放基本工资以保障员工基本生活需求，月底根据绩效评估结果发放绩效工资以激励员工。
二、违法情况
恶意规避法律责任：
- 若两家公司发工资的目的是为了逃避税收、社保缴纳等法律责任，则属于违法行为。例如，E公司通过关联的F公司发放部分工资以降低社保费用，这违反了相关法律法规，一旦被发现将面临法律制裁。
违反竞业限制或保密协议：
- 若劳动者与一家公司签订了竞业限制或保密协议，而在另一家公司的工作违反了这些协议，即使另一家公司发放工资也是违法的。例如，小赵离职后到与G公司有竞争关系的H公司工作并领取工资，违反了竞业限制协议，G公司有权要求小赵承担违约责任。
未足额按时支付工资：
- 如果企业分两次发放工资，但每次发放的时间和金额都不固定，导致员工无法按时足额获得劳动报酬，影响员工正常生活，则属于违法行为。这违反了《劳动法》第五十条关于“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资”的规定。
三、税务处理与合规建议
- 税务处理：无论劳动者从几家公司领取工资，都需要依法申报并合并缴纳个人所得税。对于同一专项附加扣除项目，在一个纳税年度内只能选择从一处所得中减除，避免重复扣除。年终需进行汇算清缴，对从两处以上取得的综合所得进行多退少补。
- 合规建议：劳动者应谨慎处理与两家公司的劳动关系，确保自身行为合法合规。同时，公司也应确保财务和税务的合规性，避免任何违法行为带来的法律风险。例如，公司可以通过合理的薪酬结构设计、明确的合同条款约定以及完善的内部管理制度来确保工资发放的合法性和合规性。
总结来说，拿两种工资是否违法取决于多种因素，包括工作性质、与用人单位的合同约定以及实际行为是否符合相关法律法规等。如有任何疑问或担忧，建议直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。