一个公司有两种工资制度并不一定违法，其合法性需根据具体情况综合判断。以下是对此问题的详细分析：
合法情况
合理的薪酬结构设计：
- 公司可能根据岗位性质、员工表现或公司业绩等因素，设计不同的工资制度。例如，对于销售岗位，公司可能采用基本工资加销售提成的制度；对于技术岗位，可能采用基本工资加项目奖金的制度。这种设计旨在激励员工，提高工作效率，是合法且合理的。
- 例子：小张是公司的销售员，他的工资由基本工资和销售提成两部分组成。基本工资保障了他的基本生活需求，而销售提成则根据他的销售业绩进行发放，这种工资制度是合法的。
遵守劳动合同与最低工资标准：
- 无论公司采用何种工资制度，都必须确保劳动合同中明确约定了工资支付方式、支付时间等关键条款，并且确保劳动者在提供正常劳动的前提下，获得的工资总额不低于当地最低工资标准。
- 例子：小李与某公司签订了劳动合同，合同中明确约定了他的工资由基本工资和绩效奖金两部分组成，且基本工资不低于当地最低工资标准。这种工资制度是合法的。
特殊福利或补贴的发放：
- 公司可能根据员工的需求或公司政策，发放一些特殊福利或补贴，如住房补贴、交通补贴等。这些福利或补贴只要在公司薪酬制度中明确规定，并依法缴税，即属合法。
违法情况
逃避纳税义务：
- 如果公司采用两种工资制度的目的是为了逃避个税或其他税费，如以现金、实物等形式发放部分工资，不纳入工资核算和纳税申报，则构成违法。
- 例子：某公司为了降低税负，将部分工资以现金形式发放给员工，并未纳入工资核算和纳税申报。这种行为是违法的。
低于最低工资标准：
- 如果公司虽然名义上工资总额达到或超过最低工资标准，但实际基本工资部分低于法定标准，其余部分随意发放甚至不发，则违法。
- 例子：某公司规定员工的基本工资为当地最低工资标准的80%，其余部分根据员工表现随意发放。这种行为违反了最低工资标准的规定，是违法的。
掩盖加班工资等问题：
- 公司如果压低正常工资，以另一部分工资名义掩盖加班工资，或混淆工资构成，使员工难以计算加班工资，也违反劳动法规定。
- 例子：某公司规定员工的工资由基本工资和“加班补贴”两部分组成，但实际上“加班补贴”并未按照实际加班时间进行计算和发放。这种行为掩盖了加班工资的问题，是违法的。
综合判断与建议
在判断一个公司采用两种工资制度是否违法时，需要综合考虑劳动合同约定、工资支付总额与时间、税收合规性等多个因素。如果对公司工资支付方式有疑问或担忧，建议直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律意见和帮助。
总结：一个公司有两种工资制度并不一定违法，关键在于是否符合相关法律法规和劳动合同约定，以及是否保障了员工的合法权益。公司应确保工资制度的合法性和合理性，避免任何违法行为带来的法律风险。