一个公司存在两个制度、两种福利是否合法，需分情况讨论，关键在于制度与福利的区分标准、实施对象及是否违反法律强制性规定。具体分析如下：

1. 若制度与福利的区分基于合理分类标准（如岗位性质、地域差异），且不违反法律强制性规定，则合法
   例如：公司根据员工岗位性质（如技术岗与管理岗）制定差异化考核制度，或根据不同地区经济发展水平设定差异化福利标准（如一线城市与三四线城市住房补贴差异）。此类区分需满足：

   • 分类标准合理：需与工作性质、劳动强度等客观因素相关，而非基于性别、年龄、户籍等歧视性因素；
     
   • 程序合法：制度需经民主程序（如职工代表大会讨论）并公示，福利方案需明确告知员工；
     
   • 不违反最低标准：如最低工资、社保缴纳等法定义务需统一履行，不得因分类而降低。

2. 若制度与福利的区分存在歧视性或违反法律强制性规定，则不合法
   例如：

   • 同工不同酬：对相同岗位、相同工作量的员工设定不同薪资或奖金制度，违反《劳动法》第46条“同工同酬”原则；
     
   • 福利歧视：仅向特定群体（如本地户籍员工）提供补充医保、商业保险等福利，而排除其他员工，可能构成就业歧视；
     
   • 逃避法定义务：通过制度设计将部分员工排除在社保、加班费等法定保障范围外，如将员工划分为“正式工”与“临时工”，仅对前者缴纳社保，违反《社会保险法》第58条。

实务建议：

• 公司需定期审查制度与福利的合法性，避免因分类标准模糊或程序瑕疵引发纠纷；
  
• 员工若认为自身权益受损，可收集劳动合同、工资条、福利方案等证据，通过劳动仲裁或诉讼主张权利。
  

如有具体制度或福利方案需进一步分析，可直接向我咨询。