一个公司存在两个制度，其合法性需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 制度内容不冲突：

   • 如果公司制定的两个制度在内容上并不冲突，且各自适用于不同的管理领域或员工群体，那么这种存在是合法的。例如，公司可能有一个针对全体员工的《员工手册》，同时还有一个专门针对销售部门的《销售管理制度》。只要这两个制度在内容上互不干扰，且都符合相关法律法规的要求，就是合法的。

2. 制度内容存在冲突：

   • 如果公司制定的两个制度在内容上存在冲突，或者对同一事项做出了不同的规定，那么这种存在就可能引发问题。在这种情况下，员工可能会感到困惑，不知道应该遵循哪个制度。此外，如果冲突的规定违反了法律法规的强制性规定，那么这种制度就是违法的。例如，如果公司的一个制度规定员工必须加班且没有加班费，而另一个制度则规定员工有权拒绝无偿加班，这两个制度就存在明显的冲突，且前者可能违反了《劳动法》中关于加班费的规定。

3. 制度制定程序合法：

   • 除了制度内容本身，制度的制定程序也是判断其合法性的重要因素。根据《公司法》等相关法律法规的规定，公司制定内部管理制度应当遵循一定的程序，如经过职工代表大会或者全体职工讨论、提出方案和意见、与工会或者职工代表平等协商确定等。如果公司制定的两个制度都遵循了合法的制定程序，那么其合法性就更有保障。

4. 符合法律法规和公序良俗：

   • 无论公司制定多少个制度，都必须确保这些制度的内容符合国家法律法规的规定，不得违反公序良俗。如果公司的某个制度违反了法律法规的强制性规定或者违背了公序良俗，那么这个制度就是违法的，无论公司是否存在其他合法的制度。

建议：

• 公司应定期对内部管理制度进行审查和更新，确保制度内容的合法性和有效性。
• 在制定或修改制度时，应充分征求员工的意见和建议，确保制度的合理性和可操作性。
• 如果公司存在多个制度且内容上存在冲突或不明确的地方，应及时进行修订和整合，以避免引发法律纠纷和员工不满。

如果您在公司的制度管理方面遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律建议。