结论：在合伙协议纠纷中法院判败诉，即便您认为存在职务侵占的证据，也不能直接去公安立案，需要先判断职务侵占行为是否达到刑事立案标准，且需遵循一定的程序和规定。以下为你详细分析：
一、职务侵占的刑事立案标准
根据《中华人民共和国刑法》第二百七十一条规定，公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的，构成职务侵占罪。这里的“数额较大”，根据相关司法解释，通常是指数额在六万元以上。如果职务侵占的数额未达到这个标准，公安机关一般不会立案侦查。因此，您需要先确认所掌握的证据能否证明职务侵占的数额达到了刑事立案的标准。
二、去公安立案的程序和规定
报案材料准备：
- 您需要准备详细的报案材料，包括报案书、身份证明、相关证据材料等。报案书应详细陈述案件的事实、经过和理由，以及您的诉求。
- 证据材料应能够证明职务侵占行为的存在，如财务记录、转账凭证、证人证言等。这些证据需要具有合法性、真实性和关联性。
向公安机关报案：
- 您应前往职务侵占行为发生地或者犯罪嫌疑人居住地的公安机关报案。
- 公安机关在接到报案后，会进行初步审查，认为有犯罪事实需要追究刑事责任的，会立案侦查；认为没有犯罪事实，或者犯罪事实显著轻微不需要追究刑事责任的，不予立案，并会说明不立案的理由。
公安机关的调查与处理：
- 如果公安机关决定立案侦查，他们会展开调查工作，收集证据，查明事实真相。
- 在调查过程中，您可能需要配合公安机关的工作，提供进一步的证据或信息。
- 如果调查结果证实存在职务侵占行为，且数额达到刑事立案标准，公安机关会将案件移送检察机关审查起诉。
三、法院败诉与公安立案的关系
- 法院在民事诉讼中的判决结果，并不直接影响公安机关对刑事案件的立案侦查。但是，如果法院在民事诉讼中已经对相关事实进行了认定，并且这些认定与职务侵占行为有关，那么这些认定可能会作为公安机关立案侦查的参考。
- 即便法院在民事诉讼中判您败诉，如果您认为存在职务侵占行为，并且有足够的证据支持，您仍然可以向公安机关报案。公安机关会根据您提供的证据和事实，进行独立的调查和判断。
四、建议
- 在报案前，建议您先咨询专业律师：律师可以帮助您评估证据的充分性和有效性，以及职务侵占行为是否达到刑事立案标准。
- 积极配合公安机关的调查工作：如果公安机关决定立案侦查，您需要积极配合他们的工作，提供必要的证据和信息。
- 关注案件进展：在案件侦查过程中，您可以关注案件的进展情况，及时了解公安机关的调查结果和下一步行动计划。
如果您在合伙协议纠纷中遇到职务侵占问题，并且认为有足够的证据支持您的主张，欢迎直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。