甲流居家隔离期间，用人单位一般不应扣工资，但具体还需根据隔离原因和单位规章制度来判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、因政府实施隔离措施或采取其他紧急措施导致不能提供正常劳动的
根据《人力资源社会保障部办公厅关于妥善处理新型冠状病毒感染的肺炎疫情防控期间劳动关系问题的通知》的相关规定，对因政府实施隔离措施或采取其他紧急措施导致不能提供正常劳动的职工，企业应当视同提供正常劳动并支付其工资。这一规定同样适用于甲流等传染病的防控期间。因此，如果员工因甲流被政府要求居家隔离，且无法提供正常劳动，用人单位应当按照正常出勤支付工资，不得扣减。
二、员工自行居家隔离或未按照规定进行隔离的
- 员工自行居家隔离：如果员工因担心感染甲流而自行选择居家隔离，且未获得用人单位的批准或未按照单位规章制度履行请假手续，那么这种行为可能构成旷工。旷工期间，用人单位有权根据规章制度扣减工资或采取其他纪律处分措施。但需要注意的是，用人单位在处理此类情况时，应充分考虑员工的合理担忧和实际情况，避免过度处罚。
- 未按照规定进行隔离：如果员工被确诊为甲流患者或疑似患者，但未按照规定进行隔离治疗或医学观察，而是擅自外出或继续上班，这种行为不仅可能违反疫情防控规定，还可能对同事和公众的健康造成威胁。对于此类行为，用人单位有权根据规章制度进行严肃处理，包括扣减工资、解除劳动合同等。但同样需要注意的是，处理时应遵循合法、合理、公正的原则，确保员工的合法权益不受侵害。
三、用人单位规章制度的规定
除了上述法律法规的规定外，用人单位的规章制度也是判断是否扣减工资的重要依据。如果用人单位的规章制度中明确规定了因传染病隔离期间的工资支付标准或请假流程，那么员工和用人单位都应遵守这些规定。但规章制度的内容不得违反法律法规的强制性规定，否则将被视为无效。
法律建议
- 员工方面：在甲流等传染病防控期间，员工应密切关注政府和用人单位的疫情防控要求，及时履行请假手续并遵守隔离规定。如因特殊情况无法按时上班或需要居家隔离，应及时与用人单位沟通并说明情况，以便用人单位合理安排工作并支付工资。
- 用人单位方面：用人单位应制定完善的疫情防控和工资支付制度，明确隔离期间的工资支付标准和请假流程。同时，应加强与员工的沟通和协调，及时了解员工的健康状况和隔离情况，确保员工的合法权益得到保障。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会为您提供专业的法律意见。