甲流病假期间扣工资是否合法，需分情况讨论：

1. 若员工因患甲流需停止工作进行医疗，且提供了正规医疗机构的病假证明：

   • 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工在医疗期内享有病假工资待遇，企业不得随意扣除。病假工资的具体数额，通常依据员工的工龄和工资标准，按照一定比例支付，但不得低于当地最低工资标准的80%。
   • 结论：在此情况下，若企业扣除员工甲流病假期间的工资，且扣除后的工资低于上述标准，则属于违法行为。

2. 若员工未提供正规医疗机构的病假证明，或企业规章制度中明确规定了病假需经批准且未批准擅自休假的：

   • 企业有权根据规章制度对员工进行相应的处理，包括扣除工资。但这种扣除需合理且符合企业规章制度的规定，不能随意扩大扣除范围或提高扣除比例。
   • 结论：若员工未按规定提供病假证明或未经批准擅自休假，企业扣除工资的行为在规章制度有明确规定且合理的情况下，是合法的。但若扣除行为超出规章制度范围或不合理，则可能构成违法。

3. 关于病假工资的具体计算（以某地区为例，具体标准可能因地区而异）：

   • 病假工资的计算通常基于员工的月工资和工龄。例如，某地区规定，工龄不满2年的员工，病假工资为其月工资的60%；工龄满2年不满4年的，为70%；以此类推，但最高不得超过月工资的100%，且不得低于当地最低工资标准的80%。
   • 计算公式（以工龄不满2年为例）：病假工资 = 月工资 × 60%（但不得低于当地最低工资标准的80%）

法律建议：

• 员工在患甲流需要病假时，应及时向企业提供正规医疗机构的病假证明，并按照企业规章制度的规定申请病假。
• 企业应制定合理的病假管理制度，明确病假的申请、批准和工资支付等流程，确保员工的合法权益得到保障。
• 若员工认为企业扣除病假工资的行为违法，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

可能后果：

• 若企业违法扣除员工病假工资，可能面临劳动监察部门的处罚，包括责令改正、罚款等。
• 员工也可能因此与企业产生劳动争议，影响企业的正常运营和员工的劳动关系。

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