结论前置：您在辞职时虽签署了因个人原因离职并领取了赔偿金，但若公司存在两年未缴纳社保的违法行为，您仍有权通过劳动仲裁维护自身权益，但需注意仲裁时效和举证责任。以下是具体分析：

1. 社保缴纳是法定义务，公司未缴纳属违法行为
   根据《社会保险法》第五十八条，用人单位必须自用工之日起30日内为员工办理社保登记并缴纳社保费。公司两年未为您缴纳社保，已构成违法，您有权要求公司补缴社保或主张相关权益。

2. 签署“个人原因离职”不影响社保权益主张
   即使您在离职时签署了“因个人原因离职”的文件，这仅影响您主张经济补偿金的权利（根据《劳动合同法》第三十八条，因公司未缴社保离职的，员工可主张经济补偿金），但不影响您单独就社保问题主张权利。社保缴纳是法定义务，不因离职原因或双方约定而免除。

3. 仲裁时效需注意
   根据《劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从您知道或应当知道权利被侵害之日起计算。但社保问题具有特殊性：

   • 若您主张公司补缴社保，部分地区（如北京、上海）规定，社保争议不属于劳动仲裁受案范围，需向社保稽核部门投诉，且不受一年时效限制；
     
   • 若您主张因未缴社保导致的损失（如医疗费、养老金损失等），则需在一年内申请仲裁。
     

4. 举证责任在您
   您需提供证据证明与公司存在劳动关系（如劳动合同、工资流水、工作证等）及公司未缴纳社保的事实（如社保缴费记录查询结果）。若公司抗辩称已缴纳，需由公司承担举证责任。

建议行动步骤：

1. 先向社保稽核部门投诉：携带身份证、劳动合同、工资流水等材料，到当地社保局稽核科投诉公司未缴社保，要求补缴；
   
2. 若需主张损失赔偿：如因未缴社保导致无法享受医保报销、养老金减少等，可在一年内申请劳动仲裁，主张公司赔偿损失；
   
3. 咨询专业律师：社保政策具有地域性，具体操作需结合您所在地区的规定，如有疑问可直接向我咨询。
   

温馨提示：社保权益涉及您的切身利益，建议尽快行动，避免因拖延导致权益受损。