核心结论：施工合同中未对附加税做出约定，一般可通过协商补充约定、依据法律规定处理、参考行业惯例或交易习惯处理，若仍无法解决则可能需通过诉讼或仲裁解决争议。以下为详细说明：

1. 协商补充约定
   • 当发现施工合同中未对附加税做出约定时，最优先且推荐的方式是合同双方进行友好协商。双方可以就附加税的承担主体、计算方式、支付时间等关键内容进行补充约定，并签订书面补充协议。这种方式基于双方的自愿和平等，能够快速、有效地解决争议，避免后续可能出现的法律纠纷，同时也体现了合同自由原则在实践中的应用。例如，双方可以约定附加税由发包方承担，或者按照一定比例由双方分担，并在补充协议中明确具体的计算方法和支付流程。
2. 依据法律规定处理
   • 如果双方无法通过协商达成一致，那么就需要依据相关法律法规来处理。在我国，税收法律法规对于各类税费的征收、缴纳主体等都有明确规定。虽然施工合同中未约定附加税，但根据税收法定原则，附加税的缴纳义务并不会因此而免除。一般来说，附加税是以增值税、消费税等为主税而征收的税种，其纳税义务人通常是主税的纳税义务人。在施工合同中，如果承包方是增值税等主税的纳税义务人，那么在无特别约定的情况下，附加税也应由承包方承担。但需要注意的是，法律法规的规定可能因地区、政策等因素而有所不同，因此在具体处理时需要结合当地的税收政策和法律法规进行综合判断。
3. 参考行业惯例或交易习惯处理
   • 在施工行业，存在着一些行业惯例和交易习惯，这些惯例和习惯在合同双方没有明确约定的情况下，可以作为处理争议的参考依据。例如，在某些地区或某些类型的施工项目中，附加税的承担方式可能已经形成了相对固定的模式或习惯，如由发包方承担或按照一定比例分担等。如果合同双方能够证明存在这样的行业惯例或交易习惯，并且该惯例或习惯不违反法律法规的强制性规定和公序良俗，那么在处理附加税争议时可以予以参考。但需要注意的是，行业惯例和交易习惯的证明可能存在一定的难度，需要合同双方提供充分的证据来支持自己的主张。
4. 诉讼或仲裁解决争议
   • 如果通过协商、依据法律规定和参考行业惯例等方式都无法解决附加税争议，那么合同双方可以选择通过诉讼或仲裁等法律途径来解决。在选择诉讼或仲裁时，合同双方需要明确争议解决的方式、管辖法院或仲裁机构等关键内容，并按照规定的程序进行操作。在诉讼或仲裁过程中，合同双方需要提供充分的证据来支持自己的主张，并接受法院或仲裁机构的裁决。虽然诉讼或仲裁等方式能够最终解决争议，但也需要耗费一定的时间、精力和费用，因此合同双方在选择时需要谨慎考虑。

在实际操作中，建议合同双方在签订施工合同时就尽可能对附加税等税费问题进行明确约定，以避免后续可能出现的争议和纠纷。如果确实出现了未约定的情况，也应及时通过协商、补充约定等方式进行解决，以维护双方的合法权益和合同的顺利履行。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。